EMBOSS

Задание 1.

Таблица 1. Упражнения по EMBOSS

*Команда*	*Ссылка на исходные данные*	*Ссылка на результат*
seqret @list.txt 1.fasta	list.txt	1.fasta
seqretsplit 2.fasta -auto	2.fasta	s64486.fasta af268475.fasta
cusp 1.fasta Codon.cusp	1.fasta	Codon.cusp
seqret fasta::Alignment.fasta msf::Align.msf	Alignment.fasta	Align.msf
compseq -word 2 -calcfreq 1.fasta 1.compseq	1.fasta	1.compseq

Сравнение геномов

Задание 2a.

В данном задании необходимо было построить карту сходства для двух геномов и пояснить некоторые эволюционные события на пути от общего предка. В качестве бактерий для изучения были взяты 2 бактерии вида Escherichia coli с полностью секвенированными геномами.
Ссылки на полные геномы: Escherichia coli IAI39, Escherichia coli O7:K1 str. CE10.
Ident: 315041/315140(99%).
E-value: 0.0.

Рис.1 - Карта локального сходства

Рис.2 - Изображение нескольких инверсий (обведены в овал и отмечены стрелками)

Рис.3 - Изображение вставок в Query (Escherichia coli IAI39) или делеций в Sbjct (Escherichia coli O7:K1 str. CE10)