Реконструкция филогении

Задание 1

В данном задании необходимо было продемонстрировать таксономию выбранных бактерий (она представлена в таблице 1) и найти нетривиальные ветви дерева, которые может выделять какой-нибудь из таксонов.
Список нетривиальных ветвей:
1) Разделение на отряды выделяет несколько разновидностей нетривиальных ветвей:
{BACAN, BACSU, CLOTE} vs {LACAC, LACDA, STRPN, STRP1} -
выделяем отряд Lactobacillales против остальных;
{BACAN, BACSU} vs {CLOTE, LACAC, LACDA, STRPN, STRP1} -
выделяем отряд Bacillales против остальных;
2) Разделение на семейства выделяет несколько разновидностей нетривиальных ветвей:
{LACAC, LACDA} vs {BACAN, BACSU, CLOTE, STRPN, STRP1} -
выделяем семейство Lactobacillaceae против остальных;
{BACAN, BACSU} vs {CLOTE, LACAC, LACDA, STRPN, STRP1} -
выделяем семейство Bacillaceae против остальных;
{STRPN, STRP1} vs {BACAN, BACSU, CLOTE, LACAC, LACDA} -
выделяем семейство Streptococcaceae против остальных;
3) Разделение на роды выделяет несколько разновидностей нетривиальных ветвей:
{BACAN, BACSU} vs {CLOTE, LACAC, LACDA, STRPN, STRP1} -
выделяем род Bacillus против остальных;
{LACAC, LACDA} vs {BACAN, BACSU, CLOTE, STRPN, STRP1} -
выделяем род Lactobacillus против остальных;
{STRPN, STRP1} vs {BACAN, BACSU, CLOTE, LACAC, LACDA} -
выделяем род Streptococcus против остальных.

Таблица 1. Таксономия выбранных бактерий

Название	Таксономия
Bacillus anthracis	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group
Bacillus subtilis	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
Clostridium tetani	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Lactobacillus acidophilus	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus; Lactobacillus delbrueckii
Streptococcus pyogenes serotype M1	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus; Streptococcus pyogenes
Streptococcus pneumoniae serotype 4	Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus; Streptococcus pneumoniae

Задание 2

Из списка функций белков была выбрана: пептидил-тРНК гидролаза, обладающая мнемоникой: PTH. По белкам этого семейства создавалась реконструкция филогенетического дерева.

Задание 3

В данном задании необходимо получить последовательности белков с выбранной функцией из выбранных бактерий и выровнять их. Для этого в JalView: выбрать File-Fetch sequences-Select Database-Uniprot. Записать в виде: мнемоника функции_мнемоника организма. В появившемся окне выбрать: Web Sevice-Alignment-Muscle (выравнивание).

Задание 4

В окне с выравниванием от названия каждого белка оставляем только мнемонику вида. Далее дерево реконструируется методом "Neighbor Joining Using % Identity" (Calculate-Calculate Tree).

Задание 5

Были сохранены: а) проект JalView: ссылка; б) выравнивание в fasta-формате: ссылка; в) дерево в Newick-формате: ссылка.