Укоренение и бутстрэп

Задание 1

В данном задании необходимо было укоренить в среднюю точку полученное в прошлом практикуме дерево с помощью программы retree пакета PHYLIP. Пакет PHYLIP был скачан и запущена программа retree, были введены атрибуты: R (Rearrange); M (Midpoint root the tree); W (Write out the current tree onto a tree output file). Был получен файл outtree.

Рис. 1 и 2 - Дерево до и после укоренения в среднюю точку (увеличение при нажатии на картинку)

Укоренение является неправильным, так как ветвь (LACDA, LACAC) не является корневой в реальном дереве. Очевидно, что неверное укоренение в среднюю точку происходит из-за неверной интерпретации программой MEGA неукорененного дерева, построенного в Jalview.
Данное дерево (рис. 2) укоренено в ветвь: {LACAC, LACDA} vs {BACAN, BACSU, CLOTE, STRPN, STRP1}.