Определение вторичной структуры

Задание 1

В данном практикуме необходимо было определить вторичную структуру белка с помощью одной из программ: DSSP или Stride. Я выбрала программу DSSP, которая установлена на кодомо и называется "mkdssp". Мой белок с PDB: 4kr2 соответствует требованию: в белке должна быть хотя бы одна α-спираль и хотя бы один β-лист. На рисунке 1 представлена структура белка, раскрашенная по вторичной структуре.

Выдача программы была сохранена: ссылка на файл.

Рис. 1 - Структура моего белка, раскрашенная по вторичной структуре. α-спирали изображены красным цветом, β-листы - синим, петли - зеленым.

Задание 2

В данном задании необходимо было сравнить границы четырёх элементов вторичной структуры (лучше всего — двух тяжей и двух спиралей), полученные программой, с границами, приведенными в заголовке PDB файла. В таблице 1 представлено сравнение границ 2 спиралей и 2 тяжей: границы обоих β-тяжей предсказаны довольно точно, в то время как границы α-спиралей программа укорачивает на 1 остаток.

Таблица 1. Сравнение границ элементов вторичной структуры

Элемент вторичной структуры	PDB	DSSP
α-спираль	Asp66-Arg77	Arg67-Arg76
α-спираль	Asp414-Thr422	Leu415-Ala421
β-тяж	Gly400-Asp409	Gly400-Asp409
β-тяж	Phe267-Phe276	Phe267-Phe276