Гидрофобные кластеры

Задание 1

В данном задании нужно было найти гидрофобные кластеры в структуре выбранного белка с помощью CluD. Я выбрала рецептор CXCR1 (PDB-идентификатор: 2lnl) (рис. 1). Для получения лучшего результата варьировала параметры поиска (порог расстояния/порог размера кластера).

Рис. 1 - Структура рецептора CXCR1

Один из лучших результатов был получен при следующих параметрах: порог расстояния: 4.4 A; порог размера кластера: 10. Изображение структуры с гидрофобными кластерами представлено в 3 ракурсах на рисунках 2-4. Все полученные кластеры расположены между α-спиралями, которые составляют основу белка. При анализе более мелких кластеров (3-9) можно отметить, что большая часть из них расположена на "внешней" поверхности α-спиралей, а значит эти кластеры можно условно соотнести с доменами.

Рис. 2-4 - Структура с гидрофобными кластерами в 3 ракурсах

Задание 2

В данном задании необходимо было найти гидрофобные кластеры на интерфейсе комплекса белка с нуклеиновой кислотой (в моем случае - тРНК) с помощью CluD. Я использовала PDB-файл с идентификатором: 4kr2 (Glycyl-tRNA synthetase in complex with tRNA-Gly). Лучше всего получились поиски с параметрами: (1) порог расстояния: 4 A; порог размера кластера: 15 (рис. 1); (2) порог расстояния: 4.4 A; порог размера кластера: 40 (рис. 2).

Небольшие кластеры (в районе 10-11 остатков), найденные при пороге расстояния: 4.4 A, были расположены на границе РНК/белок (данные не предоставлены), однако их немного. Большая часть гидрофобных кластеров была найдена внутри цепи РНК и внутри структуры белка. При варьировании параметров соответствия кластеров доменам белка не обнаружила. Возможно, из-за близкого расположения доменов.

Рис. 1 - Гидрофобные кластеры (порог расстояния: 4 A; порог размера кластера: 15)

Рис. 2 - Гидрофобные кластеры (порог расстояния: 4.4 A; порог размера кластера: 40)