Краткое описание генома археи Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661

Домен Archaea;
 Царство Euryarchaeota;
  Тип Methanococci;
   Порядок Methanococcales;
    Семейство Methanocaldococcaceae;
     Род Methanocaldococcus;
      Вид Methanocaldococcus jannaschii
       Штамм Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661

Микрофотография Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 является анаэробным, метан-синтезирующим организмом и первым представителем домена архей, чей геном(представлен на схеме 1) был полностью секвенирован в августе 1996 (длина: 1.73993 Mb; количество кодируемых белков: 1770; GC-состав: 31.2688%). У данного штамма археи есть две хромосомы. Впервые организм был выделен из осадка образца, собранного с поверхности морского дна на глубине 2600 метров на Восточно-Тихоокеканском поднятии в 1982 году. Данная архея относится к галофильным организмам*, оптимальные условия для её существования pH 6,0 и 3% NaCl. Форма организма: кокк. Неподвижна. ^[1]

Схема 1. Геном Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661

Стоит отметить, что важной характеристикой генома организма является распределение длин белков, кодирующихся в данном геноме. Рассмотрим некоторые особенности протеома** археи Methanocaldococcus jannaschii. С помощью Excel 2007 были построены гистограммы, представленные ниже (для их построения использовались функции: СЦЕПИТЬ, СЧЁТЕСЛИМН).

Таблица 1. Распределение длин белков в протеоме археи.

range	count	percentage
0-100	217	12,36%
101-200	496	28,25%
201-300	421	23,97%
301-400	300	17,08%
401-500	157	8,94%
501-600	71	4,04%
601-700	36	2,05%
701-800	20	1,14%
801-900	9	0,51%
901-1000	5	0,28%
>1000	24	1,37%
total	1756	100,00%

Гистограмма 1. Распределение белков в протеоме археи

Гистограмма 2. Распределение белков хромосомы 1

Гистограмма 3. Распределение белков хромосомы 2

На основании данных гистограмм можно сказать, что для моей археи наиболее характерны белки длиной от 101 до 200 аминокислотных остатков. К ним относятся разнообразные белки.

Примечания:

* Галофильные микроорганизмы (от греч. “hals” — соль и “phileo” — люблю) бактерии, дрожжи или плесневые грибы, способные расти в присутствии высоких концентраций хлористого натрия (NaCI). Г. м. устойчивы к высокому осмотическому давлению и к специфическому действию NaCI. ^[3]

** Протеом - термин для обозначения всей совокупности белков организма, производимых клеткой, тканью или организмом в определённый период времени.^[2]

Источники:

[1]: база данных NCBI

[2]: Wikipedia

[3]: Словари и энциклопедии на Академике