Ниже представлен J(S)Mol апплет, демонстрирующий строение белка археи Methanocaldococcus jannaschii. По умолчанию, апплет загружает белок (PDB_id белка: 3WVB_A) с сервера PDB [1]. Воспользовавшись кнопками, расположенными под апплетом, вы можете управлять скриптом ("Start script" для запуска, "Resume" для продолжения выполнения скрипта, ссылка на скрипт, "Reset" - вернуться к исходному изображению), последовательно отображающим следующие изображения, отображающие особенности строения данного белка:
В таблице 1 продемонстрированы параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре. Как видно из таблицы, для моего белка характерны типичные параметры, а именно: расстояние между атомами азота и кислорода стремится к трем ангстремам, угол между атомами азота, кислорода и соединенного с ним остовного атома углерода является тупым и в среднем равен примерно 150 градусам. Конечно, это число далеко от 180 градусов, заявленных в литературе[2], но это может быть обусловлено взаимодействиями между атомами в довольно большой молекуле белка.
| Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
| # | Имена атомов | Длина связи (A) | Угол N-O-C (°) |
| 1 | N(19ILE)- O(15ILE) | 3.02 | 156.5 |
| 2 | N(22ALA)- O(18THR) | 2.83 | 136.1 |
| 3 | N(18THR)- O(14ASN) | 2.98 | 157.3 |
| 1 | N(118ILE)- O(129PHE) | 2.91 | 163.8 |
| 2 | N(127TYR)- O(120ILR) | 2.82 | 154.4 |
| 3 | N(6THR)- O(50SER) | 2.96 | 148.9 |
Источники:
[1]: Protein Data Bank ()
[2]: Д. Нельсон, М. Кокс. "Основы биохимии Ленинджера", изд.: "Лаборатория знаний", Москва, 2017, стр.:77, 177-183