Выбор бактерий

Из предложенного списка были выбраны следующие бактерии:

Таблица 1. Выбранные бактерии.
Бактерия	Мнемоника
Enterobacter sp. 638	ENT38
Escherichia coli	ECOLI
Neisseria meningitidis	NEIMA
Salmonella typhimurium	SALTY
Yersinia pestis	YERPE
Yersinia pseudotuberculosis	YERPS
Vibrio cholerae	VIBCH

Построение дерева

Далее в файл с расширением .tre была записана формула:

	((((SALTY,ECOLI,ENT38),(YEPRE,YERPS)),(VIBCH)),(NEIMA));

С помощью программы MEGA^[1] эта формула была визуализирована. Ниже вы можете видеть полученное филогенетическое дерево.

Рис. 1. Полученное филогенетическое дерево.

Полученное дерево имеет следующие нетривиальные ветви (ветвь считаем нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.):

1) {SALTY, ECOLI, ENT38} против {YEPRE, YERPS, VIBCH, NEIMA};

2) {YEPRE, YERPS} против {SALTY, ECOLI, ENT38, VIBCH, NEIMA};

3) {SALTY, ECOLI, ENT38, YEPRE, YERPS} против {VIBCH, NEIMA}.

Таксоны бактерий

Таблица 1. Таксономия выбранных бактерий.
Бактерия	Мнемоника	Таксономия
Enterobacter sp. 638	ENT38	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Enterobacter
Escherichia coli	ECOLI	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Neisseria meningitidis	NEIMA	Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Salmonella typhimurium	SALTY	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica; Salmonella enterica subsp. enterica
Yersinia pestis	YERPE	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
Yersinia pseudotuberculosis	YERPS	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
Vibrio cholerae	VIBCH	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Vibrionales; Vibrionaceae; Vibrio

Полученные тривиальные ветви:

1) по классу Enterobacteriaceae: {SALTY, ECOLI, ENT38} против {YEPRE, YERPS, VIBCH, NEIMA};

2) по порядку Enterobacterales: {SALTY, ECOLI, ENT38, YEPRE, YERPS} против {VIBCH, NEIMA}

3) по классу Yersiniaceae: {YEPRE, YERPS} против {SALTY, ECOLI, ENT38, VIBCH, NEIMA};

Источники:

[1]: MEGA