Задание 1. PSI-BLAST

AC: P17265

Фактор гибернации рибосомы, необходимый для димеризации 70S рибосом до инактивированных 100S рибосом в стационарной фазе.^[1]

Ниже приведена таблица итераций, полученных в результате работы PSI-BLAST.

Таблица 1. Итерации.
Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	24	P33987.1	3e-05	Q65SX3.1	4.8
2	28	P9WMA8.1	3e-06	Q5K2N3.3	0.15
3	28	P24694.1	2e-20	Q0BSD5.2	0.064
4	28	P24694.1	2e-20	Q0BSD5.2	0.15

Как видно из таблицы, четвертое итерирование имеет тот же результат, что и третье. Низкие значения E-value свидетельствуют о высокой консервативности паттернов в этом семействе белков.

Задание 2. PROSITE

Поиск производился по семейству белков RL1.

Цель задания: уточнить паттерн одного из семейств белков так, чтобы он описывал не все белки данного семейства, а только белки протеобактерий. Для получения более точного результата было выполнено выравнивание белков всех 18 бактерий. Ниже приведено это выравнивание, выполненное с помощью "muscle", с раскраской "Identity" с порогом 100% (для определения абсолютно консервативных позиций).

Рис. 1. Выравнивание белковых последовательностей выбранных бактерий

Ribosomal protein L1 signature Далее с помощью Prosite^[2] был найден следующий паттерн у RL1_ECOLI:

[IMGV]-x(2)-[LIVA]-x(2,3)-[LIVMY]-[GAS]-x(2)-[LMSF]-[GSNH]-[PTKR]-[KRAVG]-[GN]-x-[LIMF]-P-[DENSTKQPRAGVI]

Рис. 1. Найденный с помощью PROSITE паттерн

На основании выравнивания исходный паттерн был сделан более строгим:

M-x-[LIV]-V-G-x-L-G-x-[LIV]-L-G-P-R-x(2)-M-P-N

Как видно из выравнивания, полученный паттерн окружен несколькими абсолютно консервативными колонками, которые были добавлены к новому паттерну. Новый паттерн представлен на рисунке 2.

Рис. 2. Найденный паттерн

A-[ST]-P-D-x-M-x-[LIV]-V-G-x-L-G-x-[LIV]-L-G-P-R-x(2)-M-P-N-P-K-V-G-T-V-T

По строгому паттерну в Prosite был найден список AC белков, содержащих данный паттерн (поиск по Swissprot) - 373 белка. На сайте Uniprot были найдены белки RL1, относящиеся к протеобактериям - 427 белков. Далее с помощью средств Excel были найдены пересечения полученных множеств. Интересно то, что количество находок по обоим строгим паттернам полностью совпали. Результаты работы.

Обозначения:

TP - True positives (пересечение множеств)

FP - False positives (нашлись только в Prosite)

FN - False negatives (содержатся только в списке протеобактерий)

Результаты представлены в таблице 2.

Таблица 2. Результаты
TP	FP	FN
289	84	138

Источники:

[1]: Uniprot. P17265

[2]: PROSITE

[3]: