Было выявлено три вертикальных блока, один из них довольно обширный.
Блоки выделены символом B.
Ближе рассмотрев последовательности, стало понятно, что три из них обладают куда
большим сходством чем остальные. Быле выделены группы и раскрашены как остальное
выравнивание. Найденные участки отмечены символом H. При добавлении к группам из
последовательностей 1-3 последовательностей 5-6 явно теряется очень высокая
плотнось консервативных колонок.
2. Число и процент консервативных колонок в блоках:
Были взяты блоки внутри последовательностей с координатами 28-47 1й блок, 60-80 2й блок.
Позиции | Число в 1м | Процент % | Число во 2м | Процент % |
---|---|---|---|---|
Абсолютно консервативные | 9 | 45 | 7 | 33.3 |
Абсолютно функционально консервативные | 15 | 75 | 10 | 47.6 |
Самый длинный участок вне блоков: 81-137 57 колонок, число с гэпами: 8 процент: 14.03%
Consensus был создан программой Jalview откуда и был скопирован.
Consensus блока
LOGO блока было получено в программе: WebLOGO.
[IV]-G-I-[ST]-[DE]-[FH]-A-[QV]-D-[AHQ]-[LM]-G-[DE]-V-V-[FY]-[LV]-[DE]-L-P
Была добавлена последовательность своего белка, в полученом "выравнивании" было 2 абсолютно консервативные позиции, что состовляет 1,46% от всего выравнивания.
Было взято пять заведомо негомологичных последовательностей и построено выравнивание при помощи MuscleWS.
Было найден всего один короткий вертикальный блок 556-563 отмечен символом B. Других достоверных блоков обнаружить не удалось. Такой результат ожидаем поскольку требовалось подтвредить отсутствие гомологии. Картинка выравнивания
Семестр 2