Практикум 10. Анализ множественных выравниваний

Ссылка на jvp

Вертикальные блоки

Было выявлено три вертикальных блока, один из них довольно обширный.
Блоки выделены символом B.

Блоки внутри выравнивания

Ближе рассмотрев последовательности, стало понятно, что три из них обладают куда
большим сходством чем остальные. Быле выделены группы и раскрашены как остальное
выравнивание. Найденные участки отмечены символом H. При добавлении к группам из
последовательностей 1-3 последовательностей 5-6 явно теряется очень высокая
плотнось консервативных колонок. 2. Число и процент консервативных колонок в блоках:
Были взяты блоки внутри последовательностей с координатами 28-47 1й блок, 60-80 2й блок.

Число и процент позиций с гэпами в самом длинном участке за пределами блоков

Самый длинный участок вне блоков: 81-137 57 колонок, число с гэпами: 8 процент: 14.03%

4. Consensus и LOGO для блока 28-47:

Consensus был создан программой Jalview откуда и был скопирован. Consensus блока LOGO блока было получено в программе: WebLOGO.

Паттерн блока 28-47:

[IV]-G-I-[ST]-[DE]-[FH]-A-[QV]-D-[AHQ]-[LM]-G-[DE]-V-V-[FY]-[LV]-[DE]-L-P

Выравнивание с негомологичной последовательностью:

Была добавлена последовательность своего белка, в полученом "выравнивании" было 2 абсолютно консервативные позиции, что состовляет 1,46% от всего выравнивания.

Выравнивание заведомо негомологичных последовательностей:

Было взято пять заведомо негомологичных последовательностей и построено выравнивание при помощи MuscleWS.

Было найден всего один короткий вертикальный блок 556-563 отмечен символом B. Других достоверных блоков обнаружить не удалось. Такой результат ожидаем поскольку требовалось подтвредить отсутствие гомологии. Картинка выравнивания