Практикум 9
Множественное выравнивание и выявление негомологичной последовательности
Были даны идентификаторы 6ти последовательностей:
GCSH_MICLC
A0ZGP6_NODSP
A0A0D3DKT0_BRAOL
I3J193_ORENI
B4EU64_PROMH
V9WCC9_9BACL
Были скачаны белки из UniProt и импортированы в Jalview в котором было построено множественное выравнивание.
Далее был произведен анализ гомологии используя раскраску BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%. При удалении последовательности B4EU64_PROMH появилось наибольшее количество консервативных колонок, что свидетельствует в пользу её удаления.
Выравнивание FASTA
Выравнивание MSF
Проект Jalview JVP
Term 2
© Artemiy Polozhintsev (Артемий Положинцев) 2016