Практикум 7. Uniprot и Refseq Protein


UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
Uniprot ID PSEH_HELPY
Uniprot AC O25094
RefSeq ID NP_207125.1 (актуальный); NC_000915.1.; WP_000742697.1; NC_018939.1.
PDB ID 4RI1
Длина 180 AA
Молекулярная масса 21353 Да
RecName (Full) UDP-4-amino-4,6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine N-acetyltransferase
Статус Reviewed

Комментарии: да, для всего белка извесна структура. В запясях PDB белок представлен тремя цепями.

2. Кластеры Uniref для белка 

Структура известна для всего белка. Белок представлен тремя цепями.
Кластер Описание Идентификатор Количество белков
UniRef100 Включает в себя все идентичные последовательности UniRef100_O25094 1
UniRef90 Включает в себя последовательности, >90% идентичные и на >80% перекрывающиеся с самой длинной последовательностью в кластере. UniRef90_O25094 266
UniRef50 Включает в себя последовательности, >50% идентичные и на >80% перекрывающиеся с самой длинной последовательностью в кластере. UniRef50_O25094 310

Комментарии: Столь разное число находок, поскольку при снидении требовательности к сходству последовательностей, резко возрастает число организмов с похожими белками.

Поиск в Uniprot

            1.Поиск по рекомендованному названию:
            Текст запроса: name:"udp 4 amino 4 6 dideoxy n acetyl beta l altrosamine" name:"n acetyltransferase"
            Количество найденных белков: 52. Из них Reviewed (Swiss-Prot): 1.

            2. Поиск по рекомендованному названию в рамках семейства
            Текст запроса: name:"udp 4 amino 4 6 dideoxy n acetyl beta l altrosamine" name:"n acetyltransferase" taxonomy:helicobacteraceae
            Количество найденных белков: 5. Из них Reviewed (Swiss-Prot): 1.

            3. Поиск по рекомендованному названию в рамках отдела
            Текст запроса: name:"udp 4 amino 4 6 dideoxy n acetyl beta l altrosamine" name:"n acetyltransferase" taxonomy:proteobacteria
            Количество найденных белков: 37. Из них Reviewed (Swiss-Prot): 1.

            4. Поиск по названию name:"hemoglobin" в различных таксонах 
            
                    

                
Таксон
                    Текст запроса
                    Total
                    Reviewed
                
    
                

                    Без ограничений
                    name:hemoglobin
                    7'471
                    944
                
    
                

                    Metazoa
                    name:hemoglobin taxonomy:metazoa
                    2'548
                    838
                
    
                

                    Fungi
                    name:hemoglobin taxonomy:fungi
                    41
                    5
                
     
            

            5. Трипсин и его ингибиторы
            Текст запроса: name:trypsin
            Количество найденных белков: 10'833. Из них Reviewed (Swiss-Prot): 301.
            Текст запроса: name:trypsin name:inhibitor
            Количество найденных белков: 2'588. Из них Reviewed (Swiss-Prot): 203.
Семестр 2

© Artemiy Polozhintsev (Артемий Положинцев) 2016