Практикум 13

Ресеквенирование. Поиск полиморфизмов у человека.

Работа велась с 19 хромосомой человека и её ридами. Все команды в конце страницы.

Подготовка чтений

До обработки

После обработки

Данный график показывает определенные параметры прочтений. Желтые прямоугольники - интетквартильный интервал, т.е. значения от 25% до 75% всех значений, от него сверху и снизу черные линии, это от 10% до 90% значений, остальные на данной графике не отображаются. Красная линия на каждой интерквартиле - медиана, синия линия , проходящая через весь график - среднее значений. Если сравнить эти 2 графика, видно, что после чистки интервал от 10% до 90% значительно сузился, только нижние значения, т.е. с низким качеством, что как раз является целью очистки (на конце более плохие значения, чем в начале на обоих графиках). Также среднее значение после очистки находится внутри интерквартильных вариантов, и медиана возрасла.

Число ридов до очистки - 5524, после - 5227 (отброшено 297)
Cначала параметр TRAILING:20 привел к отрезанию нуклеотидов с плохим качеством с конца, затем параметр MINLEN:50 - к удалению ридов несоответствующей длины (меньше 50 п.о.)

Картирование чтений

Откартировались на хромосому все риды.

atp_abuser@kodomo:/nfs/srv/databases/ngs/atp_abuser$ samtools idxstats chr19_sorted.bam
chr19   59128983        5227    0
*       0       0       0

Поиск SNP

Найдено 92 полиморфизма, 6 из них - индели, остальные 86 - однонуклеотидные замены.

Аннотация SNP

Результаты анализа:
• Анализ по RefGene выдал 2 файла (variant_function, exonic_variant_function) и разбил SNP на группы:
  Позиция SNP - exonic: 12; intronic: 70; 3'UTR: 4
  Гомозиготных замен: 35; гетерозиготных: 51
  
  SNP попали в 3 гена: MPV17L2, MYO9B, TOMM40, причем у всех трех хотя бы один SNP попал в экзон
  По информации из файла chr19snp_refgene.exonic_variant_function - из 12 экзонных:
  не привели к изменению аминокислотной последовательности (synonymous)- 9;
  привели - 3 (в генах MPV17L2, MYO9B);
  В продукте гена MYO9B из-за SNP произошли изменения: S1011A, V1693A
  В продукте гена MPV17L2 из-за SNP произошли изменения: M72V
  
• Анализ по dbsnp выдал 2 файла:
  dropped: имеют rs (аннотированы в базе) - таких SNP 76
  filtered: не имеют rs - таких SNP 10
  
• Анализ по 1000genomes выдал 2 файла:
  dropped: аннотированы в базе - таких SNP 75
  filtered: не имеют rs - таких SNP 11
  
• Анализ по gwas выдал файл:
  gwasCatalog: аннотированы в базе - таких SNP 4
  
• Анализ по clinvar выдал 2 файла:
  dropped: аннотированы в базе - таких SNP нет
  filtered: не аннотированы - таких SNP 86
  

Клиническая аннотация SNP такова - некоторые SNP были в ходе GWAS ассоциированы с ростом, рассеянным склерозом, болезнью Альцгеймера и метаболическим синдромом, но в clinvar не попали, т.е. не была достаточным образом подтверждена их значимость в развитии заболеваний.

Вся полученная информация была сведена в одну таблицу

Использованные команды