На указанном учаске внизу прямая цепь с нечетким сигналом двух аденинов, который был подтвержден по обратной цепи.Для работы были взяты результаты севенирования по Сэнгеру из файлов:
WS2973_H3_R_E04_2013-06-11-22-09-18.ab1
WS2973_H3_F_E03_2013-06-11-22-09-18.ab1
В целом качество прочтений хорошее. Уровень шума в среднем около 5% от уровня сигнала. Нечитаемые участки: Прямая цепь 1-10 -5', 379-379 -3'; Обратная цепь (после анализа прямой и построения комплементарной) 377-383 -5', нет -3'
Пятно краски и плохо читаемый участок в начале обратной хроматограммы были подкорретированы по прямой.
После редактирования обеих цепей были получены FASTA файлы последовательностей:
прямая цепь обратная цепьВ программе JalView было построено выравнивание двух FASTA последовательностей полученных ранее. JalView проект Проблемные нуклеотиды указаны маленькими буквами.
1. На указанном учаске внизу прямая цепь с нечетким сигналом двух аденинов, который был подтвержден по обратной цепи.
2. 
На участке видны проблемные нуклеотиды в районе пятна краски на обратной цепи. Участок TTTGC был восстановлен по прямой цепи.
3. 
Здесь разбирается участок в районе начала считывания обратной цепи. Три нуклеотида AGG были восстановлены по прямой цепи.
Виден нечитаемый фрагмент в начале прочтеня обратной цепи.