Практикум 9

Упражнения с пакетом программ EMBOSS

• (seqret) Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл
  Исходные данные: 1.fasta и 2.fasta.
  Команда:
  seqret "*.fasta" both.fasta
  output both.fasta
• (seqretsplit) Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы
  Исходные данные: both.fasta.
  Команда:
  seqretsplit both.fasta
  output: 2973.002.fasta 2973.fasta
• (transeq) Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле
  Исходные данные: both.fasta.
  Команда:
  transeq -table 0 both.fasta proteins.fasta
  output: proteins.fasta
• (transeq)Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках
  Исходные данные: 1.fasta.
  Команда:
  transeq -frame 6 1.fasta prot_ws.fasta
  output: prot_ws.fasta
• (seqret) Перевести выравнивание и из fasta формате в формат .msf
  Исходные данные: align.fasta.
  Команда:
  seqret align.fasta msf::align.msf
  output: align.msf

Сравнение геномов

С помощью программы blast2seq алгоритма BLASTN построена карта локального сходства двух бактерий: Helicobacter pylori Cuz20 (e-proteobacteria) в качестве Query (ось Х) и Helicobacter pylori Shi470 (e-proteobacteria) в каестве Subject (ось Y)

Крупные эволюционные события:
Инверсия:
Делеция:
Вставка: