Практикум 1: Филогенетические деревья

Деревья бактерий

Было филогенетическое дерево из данного списка бактерий. Оно представлено на рисунке ниже.

Далее были выбраны 8 бактерий, чьи названия и мнемоники представлены в таблице ниже.

Были выбраны бактерии:

Bacillus subtilis BACSU
Clostridium botulinum CLOBA
Clostridium tetani CLOTE
Finegoldia magna FINM2
Lactobacillus acidophilus LACAC
Listeria monocytogenes serovar 1/2a LISMO
Staphylococcus epidermidis STAES
Streptococcus pneumoniae serotype 4 STRPN

По ним было построено филогенетическое дерево.

Скобочная формула для него:

((FINM2,(CLOTE,CLOBA)),((LACAC,STRPN),(STAES,(BACSU,LISMO))));
Ссылка на дерево

Список нетривиальных ветвей:

{CLOTE, CLOBA}----{FINM2, LACAC, STRPN, BACSU, LISMO, STAES}
{CLOTE, CLOBA, FINM2}----{LACAC, STRPN, BACSU, LISMO, STAES}
{LACAC, STRPN}----{CLOTE, CLOBA, FINM2, BACSU, LISMO, STAES}
{BACSU, LISMO}----{CLOTE, CLOBA, FINM2, LACAC, STRPN, STAES}
{BACSU, LISMO, STAES}----{CLOTE, CLOBA, FINM2, LACAC, STRPN}

Таксономия

Далее по сайту NCBI была проверена филогения бактерий и выделяют ли нетривиальные ветви какие-нибудь из таксонов.

Bacillus anthracis Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
Clostridium botulinum Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Clostridium tetani Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Finegoldia magna Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Tissierellia; Tissierellales; Peptoniphilaceae; Finegoldia
Lactobacillus acidophilus Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Listeria monocytogenes serovar 1/2a Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria
Staphylococcus epidermidis Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Streptococcus pneumoniae serotype 4 Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus

Нетривиальные ветви:

Ветвь, относящаяся к одному таксону Объединяющий таксон Ранг объединяющего таксона
{CLOTE, CLOBA} Clostridium Род
{LACAC, STRPN, BACSU, LISMO, STAES} Bacilli Класс
{LACAC, STRPN} Lactobacillales Порядок
{BACSU, LISMO, STAES} Bacillales Порядок
Term 4

Main page


© Artemiy Polozhintsev (Артемий Положинцев) 2017