Укоренение и бутстрэп

Задание 1. Укоренение в среднюю точку

Дерево, построенное по выравниванию белков 16S рРНК-метилтрансфераза H, было переукоренено в среднюю точку с помощью пакета PHYLIP.

Исходное дерево

Укорененное дерево

Задание 2. Использование внешней группы

Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить в среднюю точку, так как этот метод не реконструирует расстояния. Однако можно воспользоваться укоренением с помощью внешней группы. В случае моего дерева необходимо использовать E.coli (ECOLI) как внешнюю группу.

Изображено дерево с ECOLI как с внешней группой

Задание 3. Бутстрэп

Исходное дерево

bootstrap consensus tree

Оба метода дали одинаковый результат с отличием от исходного в две ветви, ведущие к BACSU