| Название выбранного пути | Arachidonic acid metabolism (Метаболизм арахидоновой кислотв) |
|---|---|
| Выбранная реакция | синтез простагландина E |
| Число EC для данной реакции | 1 |
| Число ортологических рядом выбранного EC (3.2.2.6) | 3 |
| Идентификаторы этих рядов | K15729, K15730 |
| Число генов выбранных ортологических рядов, представленных в базах данных | K15729 - 92, K15730 - 329 |
| Число белков выбранных ортологических рядов, представленных в базах данных | K15729 - 36 (30 в Uniprot), K15730 - 83 (73 в Uniprot) |
| Число метаболических путей, в которых участвууют белки выбранного ортологического ряда | K15729 - 4, K15730 - 4 |
| Число реакций, выполняемых белками выбранного ортологического ряда | K15729 - 3, K15730 - 3 |
Рис. 1. Метаболический путь арахидоновой кислоты
Сначала были получены последовательности белков этих ортологических рядов, представленных в базе данных Uniprot - последовательности K15729 K15730 Далее было произведено множественное выравнивание с помощью Muscle. Результат импортирован в JalView и покрашен Clustalx - проект
В выравнивании была найдена всего одна последовательность, которая сильна выпадает и заметно короче остальных tr|L5JRR8|L5JRR8_PTEAL|K15729 она была удалена из выравнивания.
Если посмотреть отдельно на последовательности ортологических рядов, то видно не менее 8 вертикальных блоков для K15729. В выравнивании K15730 абсолютно консервативных колонок нет, поэтому говорить о вертикальных блоках нельзя, но это связано с большим числом выравненных последовательностей, чем для K15729, и явно с меньшей консервативностью внутри ортологического ряда, почти все гэпы в множественном выравнивании связаны с различиями последовательностей ортологического ряда K15730. Среди всех последовательностей нет абсолютно консервативных колонок, только несколько функционально консервативных, это не позволяет говорить точно о гомологии всех белков.
Рис. 2 Выравнивание последовательностей белков ортологических рядов K15730 и K15729
Так как белки ортологических рядов не гомологичны, то строить дерево нельзя.
Term 4 Main page