Геномное окружение. База данных GO

Получение информации о КОГе, к которому относится ваш белок

В данном задании нужно определить к какому КОГу относится данный белок WP_000742697.1. Для этого необходимо воспользоваться сервисом CDD, в поле поиска вставить последовательность белка в FASTA формате, а далее из списка найденных хитов выбрать хиты, относящие искомый белок к какому-либо КОГУ. В моем случае был найден только два таких хита (выдача).

COG1670 Protein N-acetyltransferase; interval 18-176 E-value 1.43e-13

COG0456 Ribosomal protein S18 acetylase RimI and related acetyltransferases; interval: 73-155 E-value: 8.76e-04

Для дальнейшей работы был выбран КОГ с меньшим E-value

Визуализация геномного окружения

Граф всех взаимодействий, который показывает STRING.

На рисунках изображен графы, каждая вершина которых - совокупность белков (форм белка), транскрибируемых с одного гена. Размер узла отражает наличие (большой) иили отсутствие (маленький) 3D структуры белка в базе данных, она может быть или известной точно, или предсказанной.

Цвет ребер также имет смысл (Рис. 2)Розовые ребра отражают экспериментально доказанные взаимосвязи, голубые - взаимосвязи, информация о которых получена из курируемых баз данных. Ярко-зеленые ребра говорят о соседстве в геноме, красные - слияние генов, синие - совместную встречаемость. Светло-зеленые ребра означают совместное упоминание данных белков в Pub-Med, черные - коэкспрессию, а светло-синие - гомологию.

Для многих белков окружения наличиствует ко-экспрессия (рисунок ниже)

Так же было получено изображене соседства данного белка.

Из рисунков видно, что можно говорить о геномном окружении из двух элементов COG4264 и COG3486, соседство которых указано синими рамочками на рисунке соседства.

Отнесение белка WP_000742697.1 из Helicobacter pylori к терминам GO

В данном задании помощью инструмента AmiGO поиском BLAST необходимо обнаружить БД GO белок, который наиболее похож на данный. E-value для находки равен 4.1e-17, достаточный для переноса терминов GO на данный белок.

Наилучшая находка - CJE_1508 cetyltransferase, GNAT family , принадлежит Campylobacter jejuni RM1221, т.е. не исходной бактерии

Данные выдачи:

 Score = 210 (79.0 bits), Expect = 4.1e-17, P = 4.1e-17
 Identities = 49/162 (30%), Positives = 88/162 (54%)

Query:    10 IQAIDFTNLNDGEKLLVLEFRNHPNTALWMYSTFISLKTHLQFIEDLKNSPNHRYFL-FK 68
             I+  +FT LN  E  L+ ++RNHP+   +M + +I  + HL+F++ L    + +YFL F+
Sbjct:     2 IKLKNFTELNSQEIELIFKWRNHPDINQFMKTKYIDFEEHLRFLKKLHQDSSKKYFLVFQ 61

Query:    69 EEGVYLGVGSITKINFFHKHGYLGIYKNPFLKNGGETILKALEFIAFEEFQLHSLHLEVM 128
             +E +   +G I  +N   K    G+Y  P LK  G+ ++  +   AFE  ++++L   V 
Sbjct:    62 DEQI---IGVIDFVNITTKSCEFGLYAKPNLKGVGQILMNEIIKYAFENLKVNTLKAYVF 118

Query:   129 ENNFKAIAFYEKNHYELEGRLKGFISKDKEFIDVLLYYKDKK 170
             ++N KA+  Y++NH+ +         +DK+F  + L   D K
Sbjct:   119 KDNRKALKLYQQNHFTI-------YDEDKDFYHICLKQSDCK 153

Термины, ассоциированные с белком CJE_1508 acetyltransferase, GNAT family

Коды достоверности