Для белка аквапорин Z из E.coli (2o9d) были найдены данные и предсказание в базе OPM.
Структура белка 2o9d в мембране из базы OPM. Красные кружки - p-сторона мембраны, синие - n-сторона.
Таблица характеристик белка 2o9d_A
| Толщина гидрофобной части мембраны | Координаты трансмембранных спиралей | Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали белка. | В какой мембране находится белок |
|---|---|---|---|
| 2.98 нм | A - Tilt: 10° - Segments: 1(4-27), 2(34-55), 3(64-73), 4(81-103), 5(131-152), 6(161-181), 7(187-197), 8(201-223) | 21,3 | внутренняя мембрана грамм-отрицательных бактерий |
Далее требовалось найти белок с Β-листами в составе трансмембранных доменов.
Таблица характеристик белка 2fgq
| Толщина гидрофобной части мембраны | Координаты трансмембранных спиралей | Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали белка. | В какой мембране находится белок |
|---|---|---|---|
| 2.5 нм | A - Tilt: 5° - Segments: 1(6-17), 2(27-31), 3(37-43), 4(53-62), 5(76-82), 6(136-143), 7(148-156), 8(171-179), 9(183-192), 10(205-213), 11(217-225), 12(240-249), 13(253-262), 14(273-281), 15(286-294), 16(322-331) C - Tilt: 5° - Segments: 1(6-17), 2(27-31), 3(37-43), 4(53-62), 5(76-82), 6(136-143), 7(148-156), 8(171-179), 9(183-192), 10(205-213), 11(217-225), 12(240-249), 13(253-262), 14(273-281), 15(286-294), 16(322-331) E - Tilt: 5° - Segments: 1(6-17), 2(27-31), 3(37-43), 4(53-62), 5(76-82), 6(136-143), 7(148-156), 8(171-179), 9(183-192), 10(205-213), 11(217-225), 12(240-249), 13(253-262), 14(273-281), 15(286-294), 16(322-331) |
13.6 | Наружняя мембрана грамм-отрицательных бактерий |
Для белка 2o9d_A были сделаны предсказания сервисами TMHMM и Phobius.
Результаты предсказания TMHMM: # 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Length: 234 # 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Number of predicted TMHs: 6 # 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number of AAs in TMHs: 133.65138 # 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number, first 60 AAs: 41.3168 # 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Total prob of N-in: 0.98641 # 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE POSSIBLE N-term signal sequence 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 1 12 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 13 32 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 33 35 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 36 58 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 59 83 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 84 106 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 107 129 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 130 152 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 153 158 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 159 181 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 182 207 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 208 230 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 231 234
График предсказания программы TMHMM
Результат предсказания программы Phobius: ID 2O9D:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE FT SIGNAL 1 29 FT REGION 1 7 N-REGION. FT REGION 8 20 H-REGION. FT REGION 21 29 C-REGION. FT TOPO_DOM 30 38 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 39 63 FT TOPO_DOM 64 83 CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 84 106 FT TOPO_DOM 107 131 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 132 152 FT TOPO_DOM 153 163 CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 164 183 FT TOPO_DOM 184 208 NON CYTOPLASMIC. FT TRANSMEM 209 229 FT TOPO_DOM 230 234 CYTOPLASMIC.
График предсказания программы Phobius
На графиках по оси абсцисс отложены номера аминокислотных остатков белка, а по оси ординат и вероятность метса их нахождения относительно мембраны.
Согласно программе OPM в белке 8 трансмембранных участков, программа TMHMM предсказала 6, а Phobius всего 5. Средняя длинна участков согласно Phobius 21 что всего на 0,3 отличается от OPM, согласно PMHMM 21,5 - отличие 0,2.
В этом задании было необходимо найти белки в БД TCBD. Это БД классификации транспортеров со структурами.
Для белка 2o9d найдена позиция с TCID:1.A.8.3.1, он входит в:
1.A.8 Большое семейство внутренних белков (The Major Intrinsic Protein family)
Для белка 2fgq найдена позиция с TCID:1.B.1.6.1
1.B.1 - семейство бактериальных поринов (GBP). Большинство белков 1.B.1 - 1.B.186 принадлежат суперсемейству формирующих поры в наружней мембране белков.
Term 4 Main page