Описание программы Bash

Bash - одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX. В среде Linux она часто используется в качестве предустановленной командной оболочки. При включении командной оболочки можно учидеть черный экран, на котором приветливо мерцает зеленый огонек (рис. 1).

Bash - это командный процессор, работающий в интерактивном режиме в текстовом окне. Одной из самых полезных функций является автодополнение названий файлов и папок, которое реализуется с помощью клавишь таб. Также он поддерживает операторы ветвления и цикла, выполение сценариев (команд) из файла.

Естественной частью Bash, как и любой командной оболочки, является работа с файлами. С помощью специальных команд можно перенаправлять потоки ввода, вывода и ошибок в файлы и на ввод другим программам (таблица 1). Перенаправление вывода в несуществующий файл автоматически создаст его.

Список и описание некоторых выученных программ можно найти здесь.

Таблица 1
Примеры перенаправлений потоков
> file	Перенаправление вывода в файл «file», файл перезаписывается поступающими данными.
>> file	Перенаправление вывода в файл «filename», данные дописываются в конец файла.
2> file	Перенаправление ошибок в файл «file», файл перезаписывается поступающими данными.
2>> file	Перенаправление ошибок в файл «file», данные дописываются в конец файла.
&> file	Перенаправление вывода и ошибок в файл «file».
| echo	Перенаправление данных на ввод команде echo.
Сокращения и спецсимволы, поддерживаемые Bash
/	Корень сервера. Папка, являющаяся точкой монтарования файловой системы всех дисков. Не имеет родительской и является родительской для всех остальных.
~/	Домашняя директория текущего пользователя. Если логин пользователя user, то его домашняя директория ~user. Обычно все домашние директории можно найти по аболютному адресу '/home/'.
../	Родительская директория. Та, в которой лежит текущая.
./	Текущая директория. Обычно команды вида './myscript.sh' используются для запуска скриптов и программ из текущей директории.
!10	Восклицательны знак позволяет вызывать использованные ранее команды. Номер вызываемой команды (с конца) нужно указать после него.
Маски файлов
*	Любой набор символов, в том числе и пустой. Например, 'd*' переберет все файлы, начинающиеся на d.
?	Один любой символ.
[]	Квадратные скобки обозначают один символ, выбираемый из указанных между ними. Например, '[0-9]' - любая цифра.
{}	Фигурные скобки позволяют указать количесво повторений предыдущего символа. 'O{3}' - 3 раза O.
,	Запятая обозначает перечисление. '[a-z,A-Z]' - любая маленькая или большая буква.

Описание программы Infoseq

Infoseq - это консольная бесплатная программа из пакета EMBOSS (the European Molecular Biology Open Software Suite). Она используется для поиска и отображения основной краткой информации о сиквенсах. С помощью нее также можно искать информацию о белках.

Программа разработана для удобного поиска и получения информации из интернета о белках. Самые основные параметры программы можно посмотреть в таблице 2.

Таблица 2
Описание параметров программы Infoseq
Параметр	Значение по умолчанию	Описание
columns	Y	Выводить данные колонками или нет. Фактически этот парметр изменяет значение параметра delimiter на табуляцию.
delimiter	|	Разделитель между данными.
outfile	stdout	Выводить данные в файл или на экран.
html	N	Создавать HTML файл с данными.
only	N	Позволяет сократить выдаваемую информацию благодаря выводу только нужных позиций, которые перечисляются тоже, как параметры. Если их не перечислить, то не будет выдано ничего. Фактически, сбрасывает булевские значения по умолчанию всех других параметров на N.
heading	Y	Указывает, выводить ли заголовки таблицы.
heading	Y	Указывает, выводить ли заголовки таблицы.
ac	Y	Указывает, выводить ли код доступа (accession code).
length	Y	Указывает, выводить ли длину сиквенса.
name	Y	Указывает, выводить ли название белка.
description	Y	Указывает, выводить ли описание белка.
organism	Y	Указывает, выводить ли название организма.