Описание белка NAGB_BACSU бактерии Bacillus subtilis

Краткая информация о белке представлена в таблице 1. Изображение структуры белка, полученное с помощью программы Jmol показано на рисунке 1. Положение генов, кодирующих белок показано на рисунке 2. Молекулярный вес белка составляет 54571,2 дальтон. Белок является димером. В его составе 2 цепи (A и B), в каждой из которых по 242 аминокислотных остатка.

(Требуется Java SE 7.0 и выше).

Аминокислотная последовательность белка в "fasta" формате

>2BKXA:GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
MKVMECQTYEELSQIAARITADTIKEKPDAVLGLATGGTPEGTYRQLIRLHQTENLSFQN
ITTVNLDEYAGLSSDDPNSYHFYMNDRFFQHIDSKPSRHFIPNGNADDLEAECRRYEQLV
DSLGDTDIQLLGIGRNGHIGFNEPGTSFKSRTHVVTLNEQTRQANARYFPSIDSVPKKAL
TMGIQTILSSKRILLLISGKSKAEAVRKLLEGNISEDFPASALHLHSDVTVLIDREAASL
RP
>2BKXB:GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
MKVMECQTYEELSQIAARITADTIKEKPDAVLGLATGGTPEGTYRQLIRLHQTENLSFQN
ITTVNLDEYAGLSSDDPNSYHFYMNDRFFQHIDSKPSRHFIPNGNADDLEAECRRYEQLV
DSLGDTDIQLLGIGRNGHIGFNEPGTSFKSRTHVVTLNEQTRQANARYFPSIDSVPKKAL
TMGIQTILSSKRILLLISGKSKAEAVRKLLEGNISEDFPASALHLHSDVTVLIDREAASL
RP
Таблица 1
ПараметрЗначение
Название белка Н-ацетилглюкозамин-6-фосфат деаминаза
Английское название белкаN-acetylglucosamine-6-phosphate deaminase
Краткое название белка nagBA
ФункцияКатализирует обратимое превращение глюкозо-6-фосфатамина во фруктозо-6-фосфат и ион аммония
PDB код пространственной структуры белка 2BKX
Идентификатор записи банка SwissProt NAGB_BACSU
Uniprot AC последовательности O35000
Полное название организма Bacillus subtilis
Rainbow colored protein Рис. 1. Изображение структуры белка 2BKX. Цепи белка покрашены в цвета радуги, от красного (в начале цепи) до синего(в конце цепи). Внутри структуры белка сферами выделен один из продуктов - фруктозо-6-фосфат. Каждый его атом покрашен в цвет, соответствующий стандартному цвету его химического элемента.
Такое изображение белка можно получить с помощью такой последовательности команд на скриптовом языке программы Jmol.
Ген Рис. 2. На рисунке представлена часть генома (позиции 988800-989546), кодирующая часть белков бактерии Bacillus subtilis, среди которых есть белок Nagba. Белки выделены прямоугольниками со стрелками на конце. Цвет прямоугольников показывает средний GC-состав генов, кодирующих соответствующие белки, согласно шкале распределения внизу рисунка (ярко-зеленый - низкое, ярко-красный - высокое).

Источники информации