Сравнение белка NAGB_BACSU с его ортологами.
Гомологичные белки называются ортолагами, если они принадлежат сестринским видам, которые произошли от общего предка. Обычно они выполняют схожую или ту же самую функцию.
В результате работы программы infoseq (emboss) по запросу infoseq sw:nagb_bac* найдено 24 последовательности. Из них было выбрано 2 (NAGB_BACFR и NAGB_BACSK) для сравнения с заданной последовательностью NAGB_BACSU. Результат сравнения можно увидеть в таблице 1.
Можно заметить, что в активном центре у всех трех белков находятся одинаковые или взаимозаменимые заряженные аминокислоты. Это можно объяснить тем, что лигандами всех структур являются фосфатсодержащие вещества (глюкозоамин/фруктозо-6-фосфаты), и для их связывания нужны заряженные аминокислоты.
Также можно отметить, что хоть все 3 последовательности довольно сильно различаются, у них остаются консервативными все остатки активного центра, притом даже расстояние в цепи между ними сохраняются.
Скорее всего, если произойдет мутация, приводящая к замене одного из остатков активного центра на незаряженный или любой другой незаменимый, белок перестанет выполнять свою функцию.
| Таблица 1 | ||||
| Метка поля | NAGB_BACSU | Ортолог 1 | Ортолог 2 | |
| Идентификатор записи | ID | NAGB_BACSU | NAGB_BACSK | NAGB_BACFR |
| Код доступа | AC | O35000 | Q5WHY0 | Q64XP2 |
| Дополнительные коды доступа | DR | EnsemblBacteria - EBBACT00000002829 | EMBL - AP006627 | HSSP - P0A759 |
| Дата создания документа | DT | 01.01.1998 | 23.11.2004 | 25.10.2004 |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 09.01.2013 | 09.01.2013 | 28.11.2012 |
| Название белка | DE | Glucosamine-6-phosphate deaminase 1 | Glucosamine-6-phosphate deaminase | Glucosamine-6-phosphate deaminase |
| Название организма | OS | Bacillus subtilis (strain 168) | Bacillus clausii (strain KSM-K16) | Bacteroides fragilis (strain YCH46) |
| Таксономия | OC | Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus | Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus | Bacteria; Bacteroidetes; Bacteroidia; Bacteroidales; Bacteroidaceae; Bacteroides |
| Название гена и синонимы | GN | Name=nagB; OrderedLocusNames=BSU35020 | Name=nagB; OrderedLocusNames=ABC1490 | Name=nagB; OrderedLocusNames=BF0984 |
| Номер публикции | RN | 1 | 1 | 1 |
| Автор(-ы) публикации | RA | Lazarevic V., Soldo B., Rivolta C., Reynolds S., Mauel C., Karamata D. | Takaki Y., Kageyama Y., Shimamura S., Suzuki H., Nishi S., Hatada Y., Kawai S., Ito S., Horikoshi K. | Kuwahara T., Yamashita A., Hirakawa H., Nakayama H., Toh H.,
Okada N., Kuhara S., Hattori M., Hayashi T., Ohnishi Y. |
| Название публикации | RT | Nucleotide sequence of the 300-304 chromosomal segment of Bacillussubtilis. | The complete genome sequence of the alkaliphilic Bacillus clausii KSM-K16. | Genomic analysis of Bacteroides fragilis reveals extensive DNA inversions regulating cell surface adaptation. |
| Журнал | RL | Submitted (NOV-1997) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases | Submitted (OCT-2003) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases | Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101:14919-14924(2004) |
| Чем обосновано существование белка | PE | Существование доказано | На основании гомологии | На основании гомологии |
| Ссылка (-и) на базу 3D структур PDB | DR | 2BKX | Так как эти белки получены по гомологии, у них нет своей пространственной структуры | |
| Комментарии о функции | CC | Катализарует обратимую изомерацию и деаминацию глюкозо-6-фосфата во фруктозо-6-фосфат и йон аммония | ||
| Комментарии о сходстве последовательностей | CC | Принадлежат к семейству глюкозамин/галактозами-6-фосфат изомераз, но, что интересно, имеют очень разное строение. | ||
| Аминокислотные остатки, участвующие в образовании активного центра | FT | 67 (D, Asp), 136 (N, Asn), 138 (H, His), 143 (E, Glu) | 67 (D, Asp), 136 (N, Asn), 138 (H, His), 143 (E, Glu) | 72 (D, Asp), 141 (D, Asp), 143 (H, His), 148 (E, Glu) |
Источники информации