Для работы бласта я использовала стандартные параметры. В поле для последовательностей я вставила fasta-файл с последовательностью белка, полученный на сайте UniProtKB. Выбрала Swiss-Prot в качестве базы поиска. В списке дополнительных параметров изменила количество выдаваемых последовательностей до 500. Было найдено 489 совпадений. Остальные значения оставила стандартными.
В выравнивании много консервативных колонок - значит все исследуемые белки гомологичны
В базе данных Swiss-Prot я выбрала белок Genome polyprotein:
ID: POLG_ASGVP
AC: P36309
OS: Apple stem grooving virus (strain P-209)
Был выбран белок /note="Coat protein", имеющий координаты 1869-2105. С помощью программы seqret я вырезала последовательность этого белка в файл fasta
Аналогично предыдущему упражнению я запустила Blast для этого белка и сделала выравнивание. Blast выдал всего три результата при длине лова 5. тогда я изменила дни слова на 2, всего было 5 находок, одна из которых - исходный полипептид. Все их, за исключение полипептида, я в дальнейшем использовала для множественного выравнивания в Jalview.
У получившегося выравнивая довольно высокий процент идентичности (визуально много консервативных позициий аминокислот). Я думаю, что все эти последовательности гомологичны.
В параметрах Blast я ограничела организмы только вирусами. С ограничением Viruses программа выдала те же 5 последовательностей, но их E-value изменились. В качестве примера возьму ккапсидный белок P54890.1. В первом пойске его E-value равнялась 2е-15, а во втором - 7е-17. Из этого можно сделать вывод, что в swissprot содержится 3.5% вирусных белков. Этот результат был получен с помощью деления E-value белка капсида найденного при ограничении по организмам на E-value полученное при поиске по всей базе.