Задание 2. Сравнение выравниваний, полученных разными программами
Сравнивались выравнивания одних и тех же последовательностей, построенные программами MUSCLE (A), MAFFT (B) и T-Coffee (C).
Сравниваемые выравнивания (формат FASTA):
Проект Jalview со сравниваемыми выравниваниями: [ссылка]
Сравнение A (MUSCLE) vs B (MAFFT)
Общие последовательности (7): cyc, cyc1, hba, hbb, lgb3, myg, try1
Длина A(MUSCLE): 256 | Длина B(MAFFT): 266
Совпадающих колонок: 57
% от A(MUSCLE): 22.3%
% от B(MAFFT): 21.4%
Блоки (длина >= 2), по убыванию длины:
(s1,f1) = (s2,f2) длина
(199,227) = (209,237) 29
(1,12) = (1,12) 12
(128,135) = (138,145) 8
(249,256) = (259,266) 8
Всего блоков: 4
Одиночных совпадений вне блоков: 0
Несовпадающие участки в A(MUSCLE):
13-127 (длина 115)
136-198 (длина 63)
228-248 (длина 21)
Сравнение A (MUSCLE) vs C (T-Coffee)
Общие последовательности (7): cyc, cyc1, hba, hbb, lgb3, myg, try1
Длина A(MUSCLE): 256 | Длина C(T-Coffee): 282
Совпадающих колонок: 49
% от A(MUSCLE): 19.1%
% от C(T-Coffee): 17.4%
Блоки (длина >= 2), по убыванию длины:
(s1,f1) = (s2,f2) длина
(73,83) = (74,84) 11
(63,71) = (64,72) 9
(99,107) = (100,108) 9
(249,256) = (275,282) 8
(8,12) = (8,12) 5
(22,25) = (22,25) 4
(214,215) = (236,237) 2
Всего блоков: 7
Одиночных совпадений вне блоков: 1
(199,221)
Несовпадающие участки в A(MUSCLE):
1-7 (длина 7)
13-21 (длина 9)
26-62 (длина 37)
72-72 (длина 1)
84-98 (длина 15)
108-213 (длина 106)
216-248 (длина 33)
Обсуждение результата
Сравнение показывает, что выравнивание B (MAFFT) несколько больше похоже на выравнивание A (MUSCLE), чем выравнивание C (T-Coffee). Об этом свидетельствует
более высокий процент совпадающих колонок (22.3% и 21.4% против 19.1% и 17.4%). Кроме того, в паре A/B выделяется длинный непрерывный блок
совпадения из 29 колонок, в то время как в паре A/C блоки короче и в целом структура выравниваний различается сильнее, что подтверждается
большим количеством и протяжённостью несовпадающих участков.
Задание 3. Сравнение структурного и MSA-выравнивания
Выравнивание по совмещению структур
Выбраны белки с доменом глобинов (PDB ID): 1k0k, 2jfk, 4d60. Выравнивание выполнено по A-цепи.
Изображение совмещения структур:
Схема выравнивания последовательностей, полученного из структурного совмещения
На основе структурного совмещения были составлены следующие колонки выравнивания (схематично):
Сравнение структурного выравнивания с выравниванием программой MSA
Сравниваемые выравнивания (формат FASTA):
Проект Jalview со сравниваемыми выравниваниями: [ссылка]
Найденные совпадающие и несовпадающие участки:
Совпадающих участвов не Обнаружено