Отчёт по практикуму 3-4

Тема: Анализ пространственной структуры белка 2QH1

Задание 1. Структура в целом

 Общий вид белка

1.1. Тип макромолекул

Представлен линейный белок.

1.2. Количество полимерных цепей

В асимметрической единице присутствует 2 цепи — A и B.

1.3. Идентичность цепей по последовательности

Цепи A и B идентичны по последовательности.

1.4. Биологическая единица

В одну биологическую единицу входят 4 цепи: по две копии цепи A и две копии цепи B в каждой части молекулы (димер димеров).

Задание 2. Отдельные цепи

 Общий вид белка

Цепь B

Организм: Thermoplasma acidophilum DSM 1728.

UniProt ID: Q9HLD9_THEAC.

Название: CBS domain-containing protein.

Функция: CBS-белки в целом являются эволюционно консервативным доменом, присутствующим у большинства эу- и прокариот. Влияют на регуляцию метаболизма, функций белков, могут быть связаны с наследственными заболеваниями.

Мутации относительно референса из UniProt

Да, присутствуют отличия. Референсная последовательность короче на 20 остатков. Кроме того, обнаружена замена в позиции 129: пролин (Pro) заменён на серин (Ser).

Модифицированные аминокислотные остатки

Не найдены.


Цепь A

Организм: Thermoplasma acidophilum DSM 1728.

UniProt ID: Q9HLD9_THEAC.

Название: CBS domain-containing protein.

Функция: CBS-белки в целом являются эволюционно консервативным доменом, присутствующим у большинства эу- и прокариот. Влияют на регуляцию метаболизма, функций белков, могут быть связаны с наследственными заболеваниями.

Мутации относительно референса из UniProt

Да, присутствуют отличия. Референсная последовательность короче на 20 остатков. Обнаружена замена в позиции 129: пролин (Pro) заменён на серин (Ser).

Модифицированные аминокислотные остатки

Не найдены.

Задание 3. Малые молекулы

 Общий вид белка

Присутствующие малые молекулы

В записи PDB присутствуют 2 иона железа.

Наименования

Строки из PDB-файла

Соответствующие строки для малых молекул сохранены в отдельный файл.

Ссылка на файл с малыми молекулами: [скачать 2QH1_ligands.pdb]