Ссылка на страницу сборки в базе NCBI Datasets Genome: тут
Идентификатор последней версии сборки в INSDC: GCA_000008625.1
Идентификатор последней сборки в RefSeq: GCF_000008625.1
Для поиска соответствующего протеома в базе UniProt Proteomes использовался запрос: GCA_000008625.1 по полю assemble
Этот запрос выдал один протеом: Идентификатор протеома: UP000000798 Статус протеома: Эталонный протеом (Reference proteome)
Протеом не является избыточным и не был удалён, он активен
Поскольку протеом UP000000798 уже имеет статус Reference proteome, дополнительный поиск референсного протеома того же вида не потребовался.
Файл с белковыми записями был скачан с помощью команды:
curl 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=proteome:UP000000798' > UP000000798.swiss.gz
В формате UniProtKB поле FT (Features) содержит аннотации локальных особенностей. Ключ HELIX обозначает альфа-спирали, ключ TRANSMEM — трансмембранные участки. Написан скрипт Python для подсчёта записей, содержащих хотя бы один ключ HELIX и хотя бы один TRANSMEM.
Результаты
Белков, содержащих альфа-спирали: 271 Белков, содержащих трансмембранные участки: 131
Количество трансмембранных участков более чем в два раза меньше, чем участков с альфа-спиралями. Результаты оценки удачны, они отражают реальные биологические закономерности
Для оценки числа ферментов использовались два подхода на сайте UniProt (поиск в базе UniProtKB, ограниченной протеомом UP000000798). И скрипт на Python
По полю cc_catalytic_activity (каталитическая активность)
Запрос: (proteome:UP000000798) AND (cc_catalytic_activity:*)
Результат: 520 записей
Запрос: ((proteome:UP000000798) AND (ec:*)) OR ((proteome:UP000000798) AND (cc_catalytic_activity:*)) AND (protein_name:*ase)
Результат: 517 записей
Поиск скриптом "CATALYTIC ACTIVITY" в "СС"Результат: 519 записей
Поскольку все способы дали примерно одинаковый результат, то можно считать, что у этой бактерии около 520 ферментов. Это не очень много, но учитывая, что у нее всего ~1500 белков, достаточно