Глобальное выравнивание гомологичных белков

Protein name ID1 ID2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Periplasmic pH-dependent serine endoprotease DegQ DEGQ_ECOLI DEGQ_BACSU 16 1,8 4,6 409 2
Nitrige regulatory protein GlnK GLNK_ECOLI GLNK_BACSU 20 3 6,2 406 3
Replicative helicase loader DnaC DNAC_ECOLI DNAC_BACSU 47 11,8 19,4 301 8


Локальное выравнивание гомологичных белков

Protein name ID1 ID2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Periplasmic pH-dependent serine endoprotease DegQ DEGQ_ECOLI DEGQ_BACSU 22 71,4 71,4 0 0 1,54% 16,28%
Nitrige regulatory protein GlnK GLNK_ECOLI GLNK_BACSU 29 23,4 45,3 15 2 50,00% 13,90%
Replicative helicase loader DnaC DNAC_ECOLI DNAC_BACSU 62,5 21,8 35,4 69 5 80,82% 48,24%


Комментарии к выравниваниям


Проанализировав результаты выравниваний, становится видно, что они не гомологичны по всей длине, а лишь на небольших участках. Поскольку эти белки представлены у обоих организмов, то локальное выравнивание показывает участки, которые были у х общего предка, и яляется более информативным, чем глобальное


Результат применения программ к неродственным белкам


Aligment ID1 ID2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Global FKBA_ECOLI O16G2_BACSU 23 5,5 8,2 589 4 - -
Local FKBA_ECOLI O16G2_BACSU 55 24,5 36,7 44 3 44,44% 23,17%


Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для множественного выравнивания была выбрана мнемоника DNAC. С помощью расширенного поиска в UniProtKB были найдены другие записи с такой жк мнемоникой в Swiss-Prot.


По запросу нашлось 45 результатов. Для выравнивания использовались (DNAC_=*) *ECO57, *BUCAP, *BUCBP, *BACSU, *ECOL6, *BUCAI, *SHIFL. Затем в Jalview с помощью программы Mafft было сделаноо множественное выравнивание


Проект


У получннного выравнивания не очень высокий, но в нем присутствуют и консервативнфе участки (84-93, 124-139, 224-244 и так далее). Мне кажется, что последовательность BACSU выровнялась хуже остальных: она практически нигде не совпдает консервативными участками. Скорее всего, она не является гомологом для остальных белков. Остальные последовательности на мой взгляд гомологичны.