На главную

Краткое описание генома Abaca bunchy top virus

На этой страничке я расскажу о двуцепочечном ДНК-вирусе, семейство Nanoviridae, род Babuvirus, вид Abaca bunchy top virus. Впервые этот вирус был обнаружен в 1915 г на Филиппинах [1]. Он был выделен из Musa textilis и Musa sp. (это виды бананов, выращиваемые для производства волокон, так называемых "манильских пенок", применяемых в морском деле [2]), на них же этот вирус и паразитирует. Симптомы заболевания у Абаки (так называются эти бананы): карликовость, задержка роста розеточных листьев,маленькие зеленые крапинки на их поверхности, хлороз краев листовой пластинки, прозрачные жилки [3] (Рис.1 к сожалению,не удалось найти более качественной фотографии).

Рис.1. Внешний вид растения, зараженного Abaca bunchy top virus [4]

Переносчиком является тля Pentalonia nigronervosa. Оболочка вируса представляет собой икосаэдр, 18-19 нм в диаметре [5](Рис.2).

Рис.2. Внешний вид оболочки вируса [5]

Геном представляет собой 6 закольцованных одноцепочечных фрагментов. Фрагмент DNA-N кодирует putative nuclear shuttle protein (белок, который предположительно служащий для проникновения в ядро хозяйской клетки), DNA-U3 не содержит открытой рамки считывания, DNA-S кодирует putative coat protein (предполагаемый белок оболочки), DNA-M кодирует putative movement protein (белок, предположительно служащий для передвижения), DNA-C кодирует putative cell-cycle link protein (белок, предположительно связывающий жизненные циклы вируса и хозяйской клетки), DNA-R кодирует putative replicase protein (белок, предположительно являющийся полимеразой).

Механизм заражения, характерный для этого семейства вирусов:

1)Вирус проникает в хозяйскую клетку;

2)Его одноцепочечная днк проникает в ядро, реплицируется, становится двуцепочечной;

3)Затем происходит транскрипция (синтез вируснойм РНК) и трансляция (синтез белков). Репликация происходит по механизму катящегося кольца [5](Рис.3);

4)Реплицированные копии ДНК могут: а)остаться в ядре хозяйской клетки и транскрибироваться; б)инкапсулироваться и инфицировать другие растения; в)передаваться по плазмодесмам и инфицировать другие клетки этого растения.

В 2009г был разработан сорт банана, устойчивый к этому вирусу [1]. В Таблице 1 приведены некоторые важные количественные и качественные показатели, характеризующие Abaca bunchy top virus.

Рис.3. Схема репликации по типу катящегося кольца [6]

Таблица 1. Основные характеристики Abaca bunchy top virus

Параметр	Значение
Английское название вируса	Abaca bunchy top virus (ABTV)
Русское название вируса	Вирус верхушечных розеток Абаки
Количество фрагментов в полном геноме	6
Общая длина генома (п.н.)	6422
Количество кодируемых в геноме полипептидов	5
Количество "зрелых" вирусных белков	5

Ниже приведена последовательность кратчайшего белка (putative movement protein) этого вируса (116 аминокислотных остатков).

>YP_001661658.1 putative movement protein
MGLTGERVKQFFEWFLFFSAIFVAITIIYILLAVLLELPKYIKGLVQYVVEYITRRRVWT
RRTQLTEATGGGDIEAVGHDSQAYTHTVMPXVPPVSAPISNRRADQPLRSSAGPMF

Список литературы:

[1] https://en.wikipedia.org/wiki/Abaca_bunchy_top_virus

[2] https://ru.m.wikipedia.org/wiki/Манильская_пенька

[3] Sharman M. et al. Abaca bunchy top virus, a new member of the genus Babuvirus (family Nanoviridae) // Arch. Virol. 2008. Т. 153. № 1. С. 135–147.

[4] http://ovpaa.up.edu.ph/ipa-awardees-for-april-2013/

[5] http://viralzone.expasy.org/all_by_species/125.html

[6] http://viralzone.expasy.org/all_by_species/1941.html