На главную

Визуализация молекул в JMol
Эндонуклеаза LMAP

Start
Resume
Рисунок 1. Различные изображения белка.
Для переключения изображений нажмите "Resume"

На рисунке 1 предаставлено изображение эндонуклеазы LMAP, выделенной из Leismania major [1]. Гены АР эндонуклеаз L. major, устойчивых к окислительным агентам, получили название lmap [2]. Для переключения между изображениями нажмите "Resume". Текст скрипта доступен здесь.

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
# Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1 N(96LEU)- O(92THR) 2.99 160.4
2 N(97ALA)- O(93ALA) 2.98 111.3
3 N(100ASN)- O(96LEU) 3.14 156.3
4 N(99LEU)- O(95ALA) 3.11 151.3
5 Среднее 3.06 144.8
Бета-тяжи
1 N(219ARG)- O(256PHE) 3.24 141.5
2 N(256PHE)- O(219ARG) 2.65 172.6
3 N(221THR)- O(254THR) 2.96 151.4
4 N(254THR)- O(221THR) 3.09 148.1
5 Среднее 2.985 153.4

Основываясь на полученных значениях наших выборок, можно выдвинуть гипотезу о н неразличимости наших выборок. Для проверки гипотезы можно сравнить попарно выборки для значений углов и длин связи и определить для каждой t-критерий [3]. Для углов он составил 0.7, для длин - 0.5. Оба значения меньше критического для уровня надежности 0.01 (3.71). Из этого можно сделать вывод о том, что данные выборки неразличимы между собой и можно утверждать, что параметры водородных связей постоянны для разных вторичных структур.

Список литературы

[1] http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2J63
[2] Pérez J, Gallego C, Bernier-Villamor V, Camacho A, González-Pacanowska D, Ruiz-Pérez LM. Apurinic/apyrimidinic endonuclease genes from the trypanosomatidae Leishmania major and Trypanosoma cruzi confer resistance to oxidizing agents in DNA repair-deficient Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 1999;27(3):771–777
[3] https://ru.wikipedia.org/wiki/T-Критерий_Стьюдента