Филогенетическое дерево

1. Отобранные бактерии

В таблице 1 представлен список отобранных для построения филогенетечиского дерева бактерий, содержащий номенклатурное и мнемоническое названия организмов.

*Таблица 1. Номенклатурные и мнемонические названия отобранных бактерий*
Название	Мнемоника
Bradyrhizobium diazoefficiens	BRADU
Rhizobium etli	RHIEC
Rhodobacter sphaeroides	RHOS4
Ralstonia solanacearum	RALSO
Neisseria meningitidis	NEIMA
Escherichia coli	ECOLI
Vibrio cholerae	VIBCH
Pasteurella multocida	PASMU

2. Построение дерева

На основе дерева, представленного на странице прктикума , было построено филогенетическое дерево для отобранных организмов. Ниже представлена скобочная формула дерева и его графическая интерпретация, полученная с помощью программы Mega [1]. Ссылка на файл в формате .tre.

((RHOS4,(BRADU,RHIEC)),((RALSO,NEIMA),(VIBCH,(PASMU,ECOLI))));

Рисунок 1. Графическое представление филогенетического дерева

3. Анализ полученного дерева

Нетривиальной называется ветвь, которая разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.
Дерево, представленное на рисунке 1, содержит следующие нетривиальные ветви:

1) {RHOS4, BRADU, RHIEC} против {RALSO, NEIMA, VIBCH, PASMU, ECOLI};
2) {RHOS4, BRADU, RHIEC, RALSO, NEIMA} против {VIBCH, PASMU, ECOLI};
3) {RHOS4, BRADU, RHIEC, RALSO, NEIMA, VIBCH} против {PASMU, ECOLI};
4) {RHOS4, BRADU, RHIEC, VIBCH, PASMU, ECOLI} против {RALSO, NEIMA};
5) {BRADU, RHIEC} против {RHOS4, RALSO, NEIMA, VIBCH, PASMU, ECOLI};

4. Анализ представленных таксонов

Графическое изображение дерева с учетом данных таксономии представлено на рисунке 2. Все бактерии принадлежат к царству Proteobacteria, которое является самым большим и разнообразным в домене Bacteria. К этой группе относятся большинство грам-отрицательных бактерий, известных на сегодняшний день [2]. Представленные организмы относятся к 3-м классам этого царства: Alpha-(узел 10), Beta- (узел 11) и Gammaproteobacteria (узел 13), причем согласно построенному дереву Beta- и Gamma- имеют бОльшее родство между собой, чем с Alpha-. Среди представителей класса Alphaproteobacteria двое принадлежат к отряду Rhizobiales (узел 9) и оставшийся - к Rhodobacterales, что тоже находит отражение на дереве. Все остальные представитили принадлежат к разным отрядам. Данные по таксономии организмов приведены согласно таксономическому сервису NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/.

Рисунок 2. Графическое представление филогенетического дерева с учетом таксономии. Красным показаны ветви, относящиеся к классу Alphaproteobacteria (alpha-), синим - Betaproteobacteria, фиолетовым - Gammaproteobacteria. Жирным красным выделен отряд Rhizobiales (Rh)

5. Источники

[1] http://www.megasoftware.net
[2] http://www.eol.org/pages/311/details