1. Общая информация
Требования для выбора белка:
1) Наличие файла с электронной плотностью и файл с экспериментальными данными РСА со
страницы структуры;
2) Имеются структуры белков, сходных с выбранным;
3) В доступе имеется
статья , опубликованная по результатам расшифровки.
Был выбран белок
Cyclooxygenase-2, PDB ID 5IKQ, разрешение: 2,41А. Этот белок катализирует следующую реакцию:
Arachidonate + AH(2) + 2 O(2) = prostaglandin H(2) + A + H(2)O
2. ЭП остова полипептидной цепи
Для визуализации ЭП остова были убраны боковые цепи.
Рисунок 1. ЭП вокруг остова полипептидной цепи (боковые цепи спрятаны) целого белка (вверху) и его фрагмента (внизу). level=3. Атомы белка показаны sticks, раскраска по атомам. ЭП - mesh, оранжевым.
2. ЭП вокург аминокислот
На рисунках 2 и 3 показана визуализация электронной плотности для LYS267, ALA141, TRP139, для уровней 2 и 1 соответственно.
Рисунок 2. ЭП вокруг аминокислотных остатков, LYS267 (вверху), ALA141 (посередине), TRP139 (внизу), level=2. Атомы белка показаны sticks, раскраска по атомам. ЭП - mesh, оранжевым.
Рисунок 3. ЭП вокруг аминокислотных остатков, LYS267 (вверху), ALA141 (посередине), TRP139 (внизу), level=1. Атомы белка показаны lines, раскраска по атомам. ЭП - mesh, оранжевым.
Из рассмотренных примеров видно, что положение боковых цепей является довольно достоверным, как и остовы экпонированных петель. В целом можно заключить, что модель имеет довольно хорошее качество.