Выбор объекта
Для выполнения задания была выбрана структура с PDB ID 6uhw. Она получена методом ЯМР-анализа, содержит 20 моделей и 2 цепи. На рисунке 1 представлено изображение молекулярной поверхности для полной структуры биомолекулы на фоне cartoon модели биомолекулы.
Рис.1. Молекулярная поверхность 6uhw на фоне cartoon-модели
Расчет поверхностей
Суммарная модель была разделена на 20 моделей, для каждой из которых была определена молекулярная поверхность (MS) и поверхность, доступная для растворителя (SAS). Для этого в PyMOL были выполнены следующие команды:
set all_states, on
split_states 6uhw
set dot_solvent, off #MS
get_area 6uhw_000i #(i = [1, 20])
set dot_solvent, on #SAS
get_area 6uhw_000i #(i = [1, 20])
Полученные результаты представлены в
файле.
Получено, что распределение MS более "компактное", чем SAS (Рис.2), которое имеет бОльшую дисперсию. MS больше SAS примерно в два раза. Также было получено, что эти параметры не зависят линейно друг от друга (Рис.3).
Рис.2. Распределение MS и SAS (по оси y - квадратные ангстремы)
Рис.3. Проверка гипотезы на линейную зависимость MS и SAS
Построение поверхности контактов
Далее была построена поверхность контактов двух цепей (в пределах 3,5 ангстрем). Результат представлен на рисунке 4. Интересно, что поверхность контакта представлена в основном контактами альфа-спиралей. Затем была получена поверхность контактов для цепей, разделенных командой extract (рис.5). Видно, что поверхности во втором случае разделены "четче", в то время как в первом цвета как бы "перетекают" один в другой.
Рис.4. Построение поверхности контактов цепей. Цепи обозначены красным и синим цветами
Рис.5. Построение поверхности контактов цепей после их разделения командой extract. Цепи обозначены красным и синим цветами