Практикум 2

Построение модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA

С помощью команды fiber были построены следующие структуры ДНК:

a-DNA b-DNA z-DNA

Сравнение структур

Для сравнения сгенерированных и экспериментальных данных была выбрана B-форма ДНК. Для определения направления атомов азотистого основания был выбран гуанин 13.

В сторону малой бороздки: N2, C2, N1, C6, 06

В сторону большой бороздки: N3, C4, C5, N7, N9, C8

sketch1
Рис. 1. Красным цветом обозначены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
1
Таблица. 1. Характеристики разных форм ДНК на основе fiber моделей.

Определение структуры тРНК

В качестве необходимой для задания была выбрана тРНК 1FFY . Результаты были получены с помощью программ пакета 3DNA, программ - find_pair и analyze.

2
Рис. 2. Нуклеотиды, образующие стебли во вторичной структуре тРНК.

Координаты стеблей: 1 стебель: 1-7 (72-66)
2 стебель: 49-53 (65-61)
3 стебель: 38-44 (32-26)
4 стебель: 10-13 (25-22)

Канонические пары оснований:
54U-58A, 14A-8U, 15G-48C, 19G-56U

Неканонические пары оснований:
55U-18G, 36U-33U, 16G-17U