Dehalococcoides_sp

Бактерия Dehalococcoides sp. - облигатный анаэроб (во время работы над этой информацией я нашел ошибку на EBI, и они меня поблагодарили. Так-то), свобноживущая почвенная грам-отрицательная бактерия, имеет очень маленький геном, один из самых маленьких среди свободноживущих организмов. У разных штаммов его длина варьирует от 1,3 млн до 1,4 млн пар оснований. Она разрушает хлорорганические вещества, большое количество которых в ХХ веке было выброшено в виде промышленных отходов в воду, атмосферу и почву, сильно загрязняют окружающую среду, и исследуемая бактерия разрушает такие хлорорганические вещества, которые никакие аэробы разрушить не в состоянии. ^[1]

Sorry, here would be a picture of bactery but it's unfortunately wasn't found

SEM Robert P. Apkarian and Jeanette Taylor

Классификация

Империя Бактерии
Порядок Chloroflexi
Семейство Dehalococcoidetes
Род Dehalococcoides
Вид Sp.

PubMed Taxonomy ID: 61434 ^[2]

Разные штаммы дегалогенируют разные выщества, так, штамм 195 дехлорирует тетрахлорэтилен, трихлорэтилен и цис-дихлорэтилен, штамм FL2 трихлорэтилен, цис- и транс-дихлорэтилен до хлорэтена, одако, они не дегалогенируют хлорэтилен до этена, на это способен штамм BAV1. ^[3] Штамм CBDB1 способен дехлорировать бифениловые полихлориды ^[4]

Статистика Dehalococcoides sp. (штамм CBDB1) ^[5]

Всего нуклеотидов	1395502 bp	100.00%
Кодирующих пар оснований	1247914 bp	89.42%
Всего пар C+G	656247 bp	47.02%

Всего генов	1525	100.00%
Гены, кодирующие белки	1475	96.72%
Гены, кодирующие известные белки	1139	77.22%
Гены, кодирующие неизвестные белки	21	1.42%
Гипотетически консервативные гены	194	13.15%
Гипотетические гены	121	8.20%
Генов тРНК	47	3.08%
Генов рРНК	3	0.19%

статья про бактерию в PubMed

Обнаружение и идентификация Dehalococcoides species, ответственной за in situ дехлорирование трихлорэтилена до этена, усиленное соединениями, высвобождающими водород ^[6]
Nishimura M, Ebisawa M, Sakihara S, Kobayashi A, Nakama T, Okochi M, Yohda M.

Отдел биотехнологий и наук о жизни, токийский университет сельского хозяйства и технологий, Токио, Япония

Аннотация:
Предыдущие исследования показали, что Dehalococcoides species ответственны за анаэробную очистку загрязнения хлорэтиленами Было предположено, что для полного дехлорирования до этена необходима кооперация нескольких видов. В настоящей работе мы использовали количественную ПЦР генов 16s рРНК и редуктивной дегалогеназы (РДаза) для наблюдения за изменениями популяции Dehalococcoides sp. в грунтовых водах, в которых дегалогенирование трихлорэтена (ТХЭ) до этена было ускоренно наличием водород-высвобождающих веществ. Исследование показало наличие по крайней мере двух разных видов Dehalococcoides, кооперирующих в дехлорировании ТХЭ до этена Сначала, число штаммов, имеющих ТХЭ РДазу увеличивалось приблизительно в 10(5) раз. Это сопровождалось уменьшением начального уровня, в соответствии с истощением уровня ТХЭ, затем появился другой штамм, имеющий ген хлорэтилен (ХЭ) РДазы, похожий на ген bvcA Dehalococcoides sp. BAV1 и, похоже, ответственный за дехлорирование ХЭ до этена. Анализ нескольких генов показал, что ранний штамм, например, Dehalococcoides sp. FMC-TCE, и поздний штамм, похожий на штамм Dehalococcoides sp, содержащийся в смешанной культуре KB1, содержащей Dehalococcoides sp. Эти результаты показывают, что мониторинг Dehalococcoides species на присутсвие генов РДазы, как генетических маркеров дает детальную информацию о ходе очистки от хлоретиленов, которое будет полезно для увеличения эффективности очистки.

1. EBI information about Dehalococcoides sp.
2. BubMed taxonomy
3. DOE joint genome institute
4. PubMed strain CBDB1
5. Dehalococcoides sp. CBDB1 Genome
6. PubMed Detection and identification of Dehalococcoides species