Сравнение 2-х коротких последовательностей
ссылка на файл выравнивания
Процент идентичности равен проценту сходства и равен 13/22 = 59,(09)%
карта локального сходства последовательностей
excel таблица
Первая АК у обоих - G, затем идут несовпадающие остатки, причем у 1 последовательности есть еще и гэп
Совпадают G у обоих, затем идут разные остатки, D в 1 сиквенсе и С во втором
Далее идут 3 совпадающие в обоих сиквенсах VEY, затем несовпадающие остатки, и у 2 последовательности есть гэп
Затем 2 совпадающие АК: SA, гэп в 1 сиквенсе, далее совпадающийй V, снова несовпадающие АК, и одинаковые у обеих последовательностей участки RDRNS
Query 172 GIGDVEYERSAIVFRDRNSS 191
GIGDVEYERSAIVFRDRNSS
Sbjct 1 GIGDVEYERSAIVFRDRNSS 20
Данный фрагмент является фрагментом белка PDUO_BACSU cо 171 по 191 аминокислоту
Выравнивание белков PDUO_BACSU и PDUO_CITFR
PDUO_BACSU принадлежит Bacillus subtillis, a PDUO_CITFR - Citrobacter freundii
идентичность = 69/169 (41%), сходства = 104/169 (62%), гэпов = 8/169 (5%)
Всего у белков - 2 разрыва, первый - между 52 и 53 аминокислотами в PDUO_CITFR (4 гэпа), второй - между 79 и 80 аминокислотами PDUO_BACSU (3 гэпа)