Вес выравнивания
Вычислим вес выравнивания коротких последовательностей из предыдущего задания с помощью матрицы BLOSUM62
ссылка на файл , содержащий выравнивание и его вес
программа srtetcher
Вес выравнивания, вычесленный программой stretcher пактеа EMBOSS с использованием матрицы BLOSUM62
ссылка на файл , содержащий результаты работы программы
Результат программы - 30 баллов, в то время как мой - всего 16
сравнение глобального и локального выравниваний
Глобальное выравнивание белков PDUO_BACSU и PDUO_CITFR программой needle пакета EMBOSS с использованием матрицы BLOSSUM62
ссылка на файл , содержащий результаты работы программы
Частичное выравнивание белков PDUO_BACSU и PDUO_CITFR программой water пакета EMBOSS с использованием матрицы BLOSSUM62
ссылка на файл , содержащий результаты работы программы
Программа water выполнила частичное выравнивание 2-166 остатков белка PDUO_BACSU и 3-167 остатков белка DPUO_CITFR
Как видно из результатов работы программ, вес локального выравнивания (112) выше веса глобального(104), но это понятно, так как не сравниваются концы последовательностей(а второй белок на 17 аминокислот длиннее первого), где дается много штрафов за гэпы
Дополнительно
работа программы dotmatcher
Командой "dothmatcher -PDUO_BACSU.fasta -PDUO_CITFR.fasta" я сделал
скрипт , содержащий результаты работы программыскрипт для получения графического локального выравнивание двух последовательностей белков PDUO_BACSU и PDUO_CITFR, и визуализировал скрипт программой Ghostview
работа программы matcher
Командой "matcher -PDUO_BACSU.fasta -PDUO_CITFR.fasta align.matcher" я сделал локальное выравнивание двух последовательностей белков
ссылка на файл , содержащий результаты работы программы
Алгоритм выравнивани
Используя программу excel, я нашел наибольший вес для локального выравнивания белков PDUO_BACSU и PDUO_CITFR, используя матрицу BLOSSUM62, с штрафом за открытие и продление гэпа=4.
Максимальный вес выравнивания - 264, число на пересечении "концов" последовательностей белков.
excel документ , содержащий все расчеты, желтым цветом обозначены наибольшие веса выравниваний