Выравнивание гомологов белка PDUO_BACSU
ссылка на файл выравнивания
Красный цвет столбца обозначает, что в нем содержится как минимум 8 одинаковых или функционально похожих аминокислот
Как видно, среди гомологов есть несколько консервативных областей, а именно - в районе 10-20 столбцов выравнивания, в районе 37-47 столбцов, в районе 70-80, довольно
много консервативных позиций в 120-140-х строках и в районе 170-го столбца
Мой белок - первый в выравнивании, и называется gi|BACSU, Основные консервативные участки по нему - в районе 5-22 аминокислот, 27-41, в районе 70 аминок-ты, в
районе 90-й, на участке 110-139, и около 155-й аминокислоты
В файле FunctConPos - функционально консервативные группы выравнивания и их количество в нем. Пара ED встречается 1 раз
Я, к сожалению, не нашел никаких закономерностей среди консервативных и функционально консервативных позиций, что, как мне кажется, странно
small delta antigens
файл delta.msf
Как видно из изображения, в оранжевый или красные цвета раскрашены те столбцы, в которых нашлось более половины консервативных аминокислот,
белки довольно близки друг к другу, за исключением нескольких участков(предположительно - петель)
дополнительно
консервативные участки на структуре
Я связал последовательность своего белка со структурой с PDB, окрашена только одна из 3-х цепей, Чем более синяя окраска аминокислоты - тем консервативнее она.
Видно, что большинство консервативных участков - в α спиралях, причем, как в ядре глобулы - так и на ее поверхности, оюнако, в петлях тоже есть консервативные участки, но их не так много
Другие программы множественного выравнивания
Mafft
результат выравнивания mafft гомологов белка PDUO_BACSU
Красный цвет столбца обозначает, что в нем содержится как минимум 8 одинаковых или функционально похожих аминокислот
Я попробовал выровнять последовательности через командную строку на kodomo, результаты отличаются от результатов muscle весьма значительно, Если в выравнивании muscle мы видели довольно
большое число столбцов имели только одинаковые аминокислоты, то в выравнивании mafft таких оказалось меньше, зато стало довольно много столбцов с функционально консервативными аминокислотами.
edialign
Программа выдала 2 файла, один - с выравниванием в fasta формате, а второй - выравнивание в формате edialign
Красный цвет столбца обозначает, что в нем содержится как минимум 8 одинаковых или функционально похожих аминокислот
В целом выравнивание похоже на выравнивание программой muscle, только в этом случае получилось намного больше гэпов, что, безусловно, говорит не в пользу edialign, и еще я не разобрался с фишкой про замену некоторых большитх букв маленькими