паттерны
| Характеристика паттерна |
Паттерн |
В скольких последовательностях банка Swiss-Prot
найден мотив, удовлетворяющий паттерну? |
Все ли последовательности из вашего выравнивания найдены?
|
| Фрагмент последовательности |
KCASLLHIARTITRRAERRV |
1 |
Да, только мой белок |
| Сильный |
[KLP]-[CALSI]-[AS]-[AS]-[LQA]-L-H-[IVF]-[AC]-R-[TA]-[ILV]-[TVAC]-R(2)-[AL]-E-R-[RIS]-[VLA] |
9 |
Все мои и еще одна изоформа мышиного белка |
| Слабый |
[AS]-[AS]-[LQNA]-L-H-[IVLF]-[AC]-R-[TA]-[ILV]-x-R(2)-[ALIV]-E-R-[RIS] |
9 |
Все мои и еще одна изоформа мышиного белка |
Как видно, я выбрал очень консервативный участок, и даже радикальное укорочение паттерна([LQNA]-L-H-[IVLF]-[AC]-R-[TA]-[ILV]-x-R(2)-[ALIV]) дает тот же результат, что и сильный паттерн. Я поискал по этому поводу в Пабмеде и BLAST на NCBI, и обнаружил, что этот участок - сильно консервативен для семейства белков - a,c-диамин аденилтрансфераз, представителем которого и является мой белок. Также я искал в BLAST по базе данных nr, и обнаружил там, что все другие белки, у которых есть паттерн, схожий с паттерном моего белка, являются представителями того же семейства у самых разных организмов(или их функция неизвестна)
Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке PDUO_BACSU
| Идентификатор документа Prosite (AC) |
Название мотива |
Краткое описание мотива |
Тип подписи (паттерн, профиль) |
Паттерн |
Специфична ли подпись? |
Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00008 |
MYRISTYL |
Сайт N-миристоилирования |
паттерн |
G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} |
неспецифична |
5 |
| PS00005 |
PKC_PHOSPHO_SITE |
сайт С-фосфорилирования протеинкиназы |
паттерн |
[ST]-x-[RK] |
неспецифична |
4 |
| PS00006 |
CK2_PHOSPHO_SITE |
сайт фосфорилирования казеин киназы II |
паттерн |
[ST]-x(2)-[DE] |
неспецифична |
4 |
| PS00001 |
ASN_GLYCOSYLATION |
сайт N-гликозилирования |
паттерн |
N-{P}-[ST]-{P} |
неспецифична |
1 |
|