Задание 1
Упражнение 1
тренировочный скриптУпражнение 2
Контакты разного типа в комплексе 1A02.pdb
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 23 | 28 | 51 |
| фосфатами | 29 | 70 | 99 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 28 | 0 | 28 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 28 | 4 | 32 |
скрипт для задания
Упражнение 4
Больше всего контактов с ДНК - у двух аминокислот: Arg537(N), и Asn147(F), по три у каждой, рассмотрим контакты Asn147(F)
На изображении Аспарагин связывается водородными связями с двумя основаниями, А и Т одной цепи и C - другой
Изучив статью про структуру моего белка(благо free full article, и sci-hub не понадобился)(а вот, собственно, статья) я обнаружил, что самый важный домен связывания белка с ДНК - с 252 по 279 остаток, в статье рассматривается мутация по 272 аминокислоте - Asn,(V272) связывающейся с цитозином, в следствие чего заметно падает связывание белка с ДНК, посмотрим на эту водородную связь
Задание 2
Упражнение 1-2
Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1N77.pdb
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5' 501-507 3'
5' 566-572 3' Всего 7 пар |
5 пар | 7 пар |
| D-стебель | 5' 510-513 3'
5' 522-525 3' Всего 4 пары |
0 пар | 5 пар |
| T-стебель | 5' 549-553 3'
5' 561-565 3' Всего 5 пар |
0 пар | 5 пар |
| Антикодоновый стебель | 5' 538-544 3'
5' 526-532 3' Всего 7 пар |
0 пар | 5 пар |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 5даже при Minimum score threshold =1 | 22 |
По алгоритму Зукера была построена модель при стандартных условиях, при изменении параметров(например, увеличении percent suboptimality number)
полученные структуры все сильнее и сильнее отличались от предсказаний find_pair, так что в отчет я вставляю первое(и единственное) изображение,
по крайней мере на нем угаданы акцепторный и антикодоновый стебли, и по сравнению с другими вариантами - хоть как-то угаданы остальные стебли
Упражнение 3
