|
|
1 задание
Всего гипотетические гомологи нашлись для 4 рамок в последовательности
| номер рамки |
координаты на участке |
направление |
последовательность |
название лучшей находки |
e-value |
| 1 |
134-511 |
прямое |
MTDETSLLIGVPFWSTYFLFYLFLSAKIDVNEDLGGLSKMGVRAEATPNPNAIKFTTDKIIFEG
TNSISVKPGDTSEHEIMNDLLQLEGVDNVFGYQNFITINKSFDAEWDDVTPRVKEVFEKHGY |
YPGR_BACSU |
1e-04 |
| 2 |
1926-2804 |
прямое |
MGLKVTRVSVKIMADSASDLTKEYFSEYNMEMVSLTVHLDDKDYEDGINITPKNVFDAMRNGKS
PKTSQVPPQAFKSIFTEYAKSKQPLVYLAFSSELSGTYQTAKMMEQEVKEEYPEADIHVMDTKCA
SIGYGLVVLNAAKMAQEGKSMEEIIDDAEKRALHMEHIFTVDDLEYLKRGGRVSKTAAFVGSLLN
IKPILHVEDGKLIPLEKMRGTKKLLGRILEIMEERGGNLENQVVGISHGDDLERAEKLAEMIKEK
FGVKEVVIEYVGSAIGAHAGPGTIALFFLNKSFY |
YITS_BACSU |
8e-91 |
| 5 |
6984-6097 |
обратное |
MPTLANDSVDLYEYQPFGEPTKAVSLDDPATFKIDGELPKIDGATALYPIYAAFVQATYPEKQY
DVYESEVISTRTPYAYENLINGKVDMIFALGPSEAQLKKAENRGVELKLTPIGKEAFVFFVNAK
NEVSGLTLDEIKKIYSGEITNWGDVGGANDSIRAFQRPADSGSQTTLEQLMADTPIMTPPTEDI
ISLMGGIIEETANYKNYKNAIGYTFRFYSNEMAKNDSIRHLAIDGIAPTLETIRNGEYPITETF
YVVTAGSENPNIEPFIEWILSSQGQSIIEKTGYVPIGSDL |
PSTS_BACSU |
6e-15 |
| 7 |
1849-1010 |
обратное |
MFLIEAKRILVVIIGSLLNALSLNLFLESANVYASGFTGSAQLISSVFNDFIGIGVSTGILLFL
LNIPVFILGWFKVGKGFTIYSIVSVIFSSIFLQFLPIVELSEDIILNAVFGGLVAGIGVGMTLK
VGASTGGMDIVAMVLSRMNDKPIGFYFITLNAIIIALAGILYEPENALYTMVALYVTTRVIDAI
HTRYNKLTAMIVTKKAKELQTAIHNTMVRGITILPAVGAYTNQEKHMLYLVITRYELYDLEKII
KEIDPEAFTNIVQTTGIYGFFRKE |
YITT_BACSU |
2e-106 |
2 задание
Гипотетические гены во фрагнменте 77001-8400 записи AEWH01000006
3'--[YPGR, 134-511 =>]----------------------[YITS, 1926-2804 =>]-----------------------------------5'
5'---------------------[<= YITT, 1849-1010]----------------------------------[<= PSTS, 6984-6097]--3'
3 задание
Расположение гомологичных генов в геноме Bacillus subtilis
3'---------------[YITS, 1187700-1188551 =>]---------[YPGR, 2302727-2303860 =>]--[PSTS, 2580715-2581617 =>]-------------------5'
5'----------------[<= YITT, 1188689-1189531]---------------------------------------------------------------------------------3'
P.S. Отличная штука!
комментарии
Как видно, e-value белков YITT и YITS такие, что ошибиться просто невозможно, и в геноме сенной палочки они как раз находятся
рядом и на разных цепочках, что, учитывая родство организмов, показывает, что эти гены абсолютные гомологи, в то время как e-value
других белков не столь высоки(хотя и очень приличные), и расположены они далеко как от пары YITT/YITS, так и друг от друга, так что это либо
действительно гомологи, но почему-то изменившие свое положение в геноме(например из-за плазмид), либо, кто-то из них, возможно, оказался случайным
совпадением с рамкой
|