1 - Укоренение в среднюю точку
Я взял дерево , построенное по алгоритму Neighbour joining using BLOSUM62 так как, хот ь длина одной из ветвей равнялась нулю, этод метод дал абсолютно правильную топологию дерева, и програмой Archaeopteryx переукоренил его в среднюю точку, у меня получилось укоренеие в точку, отделяющую лактобактерий ото всех остальных, что не соответствует реальной филогении.
Также я попытался смостоятельно(глазами и руками) укоренить дерево в среднюю точку, красным цветом отмеченно самое длинное расстояние, синим крестом - средняя точка, результат полностью совпал с результатом программы
2 - Использование аутгруппы
В качестве аутгруппы я использовал такой же белок из E. coli Выполнив все инструкции(вырвнивание, maximum Parsimony, reroot с отделением E. coli, show subtree) я получил неправильное дерево(в archaeopteryx выходное дерево такое же, но я не смог убедиться, что используемый там алгоритм - именно Maximum Parsimony)
посмотрим нетривиальные ветви(правильные ветви подчеркнуты):
{ENTFA, STAES, GEOKA, BACSU, CLOB1, FINM2}vs{LACDA, LACAC}
{GEOKA, BACSU}vs{LACDA, LACAC, CLOB1, FINM2, ENTFA, STAES}
{ENTFA, STAES, GEOKA, BACSU, FINM2}vs{LACDA, LACAC, CLOB1}
{STAES, ENTFA, GEOKA, BACSU}vs{LACDA, LACAC, CLOB1, FINM2}
{STAES, ENTFA}vs{LACDA, LACAC, CLOB1, FINM2, GEOKA, BACSU}
Как видно, это дерево - самое плохое из всех, всего 2 верных нетривиальных ветвления из 5, видимо, это связанно с неправильностью алгоритма. Укоренение неправильное, поскольку даже, просто, нет узла, в который происходит правильное укоренение
3 - Бутстреп
Итак, методом Minimum evolution было построено два дерева, одно - без бутстрепа, к другому был применен бутстрп анализДерево без бутстрепа:
Дерево с бутстрепом:
Деревья имеют одинаковую топологию.
посмотрим нетривиальные ветви(правильные ветви подчеркнуты):
{ENTFA, STAES, GEOKA, BACSU, CLOB1, FINM2}vs{LACDA, LACAC}
{ENTFA, STAES, GEOKA, BACSU, LACDA, LACAC}vs{CLOB1, FINM2}
{STAES, GEOKA, BACSU, CLOB1, FINM2}vs{LACDA, LACAC, ENTFA}
{STAES, GEOKA, BACSU}vs{LACDA, LACAC, CLOB1, FINM2, ENTFA}
{GEOKA, BACSU}vs{LACDA, LACAC, CLOB1, FINM2, ENTFA, STAES}
Как видно, метод показал себя отлично, вся топология правильная, укоренение правильное.