Киотская энциклопедия генов и геномов

1 - Метаболические пути в KEGG

Вбив в UniProt AC фермента, я нахожу ссылку на GEGG, его идентификатор там - hsa:1544 Он участвует в следующих метаболических путях:
KEGG ID Pathway name Имя пути
hsa00140 Steroid hormone biosynthesis Биосинтез стероидных гормонов
hsa00232 Caffeine metabolism Метаболизм кофеина
hsa00380 Tryptophan metabolism Метаболизм триптофана
hsa00591 Linoleic acid metabolism Метаболизм лионолевой кислоты
hsa00830 Retinol metabolism Метаболизм ретинола
hsa00980 Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450 Метаболизм ксенобиотиков цитохромом Р450
hsa00982 Drug metabolism - cytochrome P450 Метаболизм лекарств через цитохромом Р450
hsa01100 Metabolic pathways Метаболические пути
hsa05204 Chemical carcinogenesis Химический канцерогенез

Карта метаболизма кофеина

Нужно было первый в выдаче показать, но он огромный и раздул бы отчет в несколько раз, так что я выбрал путь поменьше here would be picture but it's missed. Sorry :(

2 - структурные формулы KEGG

Лиганд Идентификатор Структурная формула
Гипоксантин
Hypoxanthine		 C00262
Аденин
Adenine		 C00147

3 - Путь от Аденина к Гипоксантину


Карта - Метаболизм пуринов
Путь: Аденин --> Гипоксантин (коды см. в предыдущем задании)
Реакция идет в одну сторону и в одно действие, есть также обратный путь в 3 реакции: аденин C00147 --> аденозин C00212 --> инозин C00294 --> гипоксантин C00262 отмечен желтым
карта

4 - Мнение о KEGG

Навигация и дизайн у сайта, мягко говоря, не очень. По сравнению с Юнипротом, показавшим, что биологический сайт может иметь очень лаконичный и функциональный дизайн, здесь все выглядит уныло. Здесь же явно дизайну не меньше 10 лет, никакой тебе интуитивной понятности, глаз не радуется, некоторые пункты меню надо долго искать, мало ссылок на другие БД, но с другой стороны, работа с метаболическими путями по-настоящему удобна. Кроме того, что есть в задании, я покопался по сайту и нашел такие функции, как KEGG ORTHOLOGY - БД групп ортологов, KEGG REACTION и KEGG RPAIR со всеми реакциями из всех метаболических карт, KEGG DESEASE с обширными данными (и ссылкой на литературу) по различным болезныям, KEGG DRUG - с информацией о лекарствах(формулы, молекулы-мишени, как влияют на метаболизм) и многое-многое другое. В общем, складной сайт швейцарской армии. Понадобится любому - от фармацевта и врача биохимика в их исследованиях лекарств и их влияния на метаболизм до эволюциониста, ищущего ортологи для нужд филогенетики.