Четвертый семестр

Метаболические пути. KEGG.

1. Поиск графических формул и идентификаторов заданных низкомолекулярных веществ в KEGG

   Фрагмент пути для исследования: От аргинина (L-Arginine) до глутамата (L-Glutamate)

   аргинина	глутамат

2. Поиск метаболического пути: метаболизм аргинина и пролина

   В базе данных KEGG нужно было найти метаболические пути, включающие в себя оба заданных лиганда. Таких нашлось 4, из них была выбрана карта метаболизма аргинина и пролина. На карте был найден самый короткий путь заданного превращения:

   
   

3. Исследование выбранного метаболического пути

   Общее число этапов на пути: 3

   Возможный путь превращения аргинина в глутамат

   Этап	Ферментативная реакция	Фермент
   1	L-Arginine + H2O <=> L-Ornithine + Urea	EC 3.5.3.1
   2	L-Ornithine + 2-Oxoglutarate <=> L-Glutamate 5-semialdehyde + L-Glutamate	2.6.1.13
   3	L-Glutamate 5-semialdehyde + NAD+ + H2O <=> L-Glutamate + NADH + H+	EC 1.5.1.12

   
   

   • Возможность выбранной цепочки реакций у конкретных организмов:

     Организм	Возможен ли синтез глутамата из аргинина по данным KEGG ? (Да/нет)	Краткое обоснование
     Homo sapiens	да	все ферменты найдены
     Escherichia coli	нет	не найдены гены ферментов для 1-ой и 2-ой стадий: 3.5.3.1; 2.6.1.13
     Pseudomonas aeruginosa PAO1	нет	аналогично
     Methanococcus janaschii	нет	не найдено ниодного гена для нужных ферментов