Изображение области связывания уридин-дифосфат-N-ацетилглюкозамина с N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-PHOSPHATE 2 URIDYLTRANSFERASE.

На рисунке изображена область контакта молекулы уридин-дифосфат-н-ацетилглюкозамина (UD1) с A-цепью моего белка. Для определения возможных образовавшихся связей выделена 5-ангстремная окрестность UD1. Как видно из рисунка с молекулой взаимодействуют 9 аминокислотных остатков, они подписаны. Пунктиром обозначены водородные связи.

Проект генноинженерного эксперимента.

1. Аминокислоты, взаимодействующие с UD1: глутамин, тирозин, глицин, аланин,
глутаминовая кислота, аспарагиновая кислота, труонин, лейцин, аспарагин.  

Возможны такие замены:     

2. Без нарушения связывания - leu11 на изолейцин. При этом не изменится
связывание (т.к. оно обеспечивается не радикалом). Изменение радикала
несущественно, а поэтому не влияет на конформацию аминокислотного окружения
UD1, и нарушение связывания с другими аминокислотами также не происходит.

3. С нарушением связывания - asn169 на фенилаланин. Сильное изменение размеров
и строения радикала может привести к следующему:
- исчезает связь с NH2-группой радикала аспарагина
- нарушение структуры радикала приводит к изменению расположения всего 
аминокислотного остатка, в том числе атома кислорода, образующего вторую
водородную связь с UD1 (кислород не в радикале)
- нарушается предполагаемое взаимодействие аминокислотного остатка с соседними
аминокислотами, приводящее к изменению конформации аминокислотного окружения
UD1 и, следовательно, к нарушению его связывания.