Второй семестр

Программа поиска сходных последовательностей BLASTP.

1. Поиск белка по его последовательности.

   На сервере NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ - с помощью программы BLASTP был проведен поиск аминокислотной последовательности GLMU_ECOLI в банке swissprot. При применении программы BLASTP к последовательности получен большой список гомологов. GLMU_ECOLI в списке стоит на первом месте.
   Score 904; E-Value 0,0

   
   Поиск был повторен с той же входной последовательностью, с указанием в качестве банка pdb.
   Для первой в списке находки:
   PDB-коды 1HV9 chain A, chain B; Score 904; E-Value 0,0;
   начало выравнивания во входной последовательности (Query): 1
   конец выравнивания во входной последовательности (Query): 456;
   начало выравнивания во находке (Subject): 1
   конец выравнивания во находке (Subject): 456;
   процент совпадений (Identity): 100%.

   Поиск белка по его гомологу.

   Аналогично был проведен поиск белка GLMU_ECOLI по его гомологу. Белок GLMU_ECOLI идет в списке гомологов первым.
   Score 607; E-value 2e-173;
   начало выравнивания во входной последовательности (Query): 4
   конец выравнивания во входной последовательности (Query): 453;
   начало выравнивания во находке (Subject): 4
   конец выравнивания во находке (Subject): 453;
   процент совпадений (Identity): 68%.

   
   Первой находкой не является белок, чья последовательность была подана на вход. Это объясняется тем, что этот белок отсутствует в базе даннных SwissProt. Это можно исправить, расширив поиск.

   Поиск белка по фрагментам его последовательности.

   Также с помощью программы BLASTP был проведен поиск белка _ECOLI по фрагментам его последовательности. Фрагментом последовательности является искусственно созданная последовательность, склеенная из двух участков аминокислотной последовательности GLMU_ECOLI.

   
   Мой белок является единственным из найденных программой гомологов. Но даже такой результат поиска достигается только после снятия ограничений на процент идентичности последовательностей.Score 25.4; E-value 33
   Это связано с тем, что "склеенные" участки исходной аминокислотной последовательности изначально далеко в ней друг от друга расположены. Результатом поиска стали два выравнивания.

   
   1-ое выравнивание:
   Score:25.4;
   начало выравнивания во входной последовательности (Query): 20
   конец выравнивания во входной последовательности (Query): 332;
   начало выравнивания во находке (Subject): 20
   конец выравнивания во находке (Subject): 332;
   процент совпадений (Identity): 100%.

   
   2-ое выравнивание:
   Score:25.0;
   начало выравнивания во входной последовательности (Query): 10
   конец выравнивания во входной последовательности (Query): 22;
   начало выравнивания во находке (Subject): 10
   конец выравнивания во находке (Subject): 22;
   процент совпадений (Identity): 100%.

   ---

   ©Nechay Olesya 2005