Второй семестр

Отчет по работе с БД InterPro

Описание документа InterPro

На главной странице БД InterPro был проведен поиск документов по ID моего белка (GLMU_ECOLI). Было найдено 4 документа. Запись о бактериальной трансферазе, содержащей гексапептидные повторы (Bacterial transferase hexapeptide repeat ) была выбрана, так как она имела наибольшее число подписей (поле "Signatures").

  1. IPR001451 - идентификатор документа
  2. Bacterial transferase hexapeptide repeat - полное назване документа
  3. Общее количество белков, в которых обнаружены соответствующие мотивы: 3372

На диограмме предоставлена информация о представленности данного домена в различных таксономических группах.

Документ находится в отношениях вложенности (found in) со следующими подписями:

В разделе Overlapping InterPro entries показано перекрывание записей в InterPro. В третьем столбце иллюстрируется перекрывание доменов по аминокислотным остаткам.

Красным цветом выделен исходный домен, синим найденные структуры с таким же мотивом.

Изображение всех подписей белка GLMU_ECOLI


Данная подпись не находится в отношениях родства с другими подписями.
Подписи в БД.
Название подписи
Положение в последовательности DPO1_Ecoli
Полное название базы данных
Название организации, поддерживающей данную БД.
Город и страна
Hexapep
271-288;
289-298;
300-317;
329-346;
369-386;
394-411;
412-429
Pfam
  • Sanger institute
  • Institut National de la Recherche Agronomique

  • Великобритания, Кэмбридж.
  • Франция, Париж.
    		•
    HEXAPEP_TRANSFERASES
    403-431
    PROSITE
    		 Swiss Institute of Bioinformatics Швейцария, Женева
    NTP_transferase
    7-233
    Pfam
  • Sanger institute
  • Institut National de la Recherche Agronomique

  • Великобритания, Кэмбридж.
  • Франция, Париж.
    		•
    glmU
    6-455
    TIGRFAM
    		 The Institute for Genomic Research Роквиль, США
    Trimer_LpxA_like
    252-451
    SuperFamily

    MRC Laboratory of Molecular Biology
    European Bioinformatics Institute     		Великобритания, Кэмбридж и Хинкстон.

    ©Nechay Olesya 2005