Второй семестр

Отчет по работе с БД Pfam

Доменная структура белка GLMU_ECOLI

(По данным банка Pfam)



  • Слева показана схема расположения доменов в GLMU_ECOLI.
  • Справа изображено положение доменов в пространственной структуре GLMU_ECOLI(PDB - 1hm8, т.к. по 1fwy - нет изображения). Описание доменной структуры с идентификаторами записи Pfam.

    Идентификатор Pfam
    Название записи
    Полное название домена
    Положение в последовательности DPO1_ECOLI
    PF01128
    IspD
    IspD-синтаза
    6 - 43
    PB001398
    Pfam-B 1398
    -
    93 - 156
    PB001069
    Pfam-B 1069
    -
    157 - 200
    PB000717
    Pfam-B 717
    -
    201 - 257
    PF00132
    Hexapep
    Гексапептид
    271 - 288
    PF00132
    Hexapep
    Гексапептид
    289 - 298
    PF00132
    Hexapep
    Гексапептид
    300 - 317
    PF00132
    Hexapep
    Гексапептид
    329 - 346
    PF00132
    Hexapep
    Гексапептид
    369 - 386
    PF00132
    Hexapep
    Гексапептид
    394 - 411
    PF00132
    Hexapep
    Гексапептид
    412 - 429

    Подробное описание домена IspD

    Для подробного описания был выбран N-концевой домен моего белка из PfamA.

    1. Семейство данного домена не охарактеризовано. Известно, что бактериальный белок IspD катализирует третий этап биосинтеза изопреноидов - deoxyxylulose-5-phosphate pathway (DXP).
    2. Всего известно 588 белков с доменом Ispd-синтаза.
    3. Таксон
      Количество белков с доменом .
      Эукариоты Растения 6
      Грибы 2
      Животные 9
      Бактерии
      		 413
      Археи
      		 13
      Разницу между общим числом белков (588) и суммой по таблице (443) можно объяснить присутствием белков с таким доменом в других таксонах (вирусах, )
    4. Домен IspD чаще встречается в белках в сочетании с другими доменами. Случаи дупликации домена IspD или перестановки 2-х доменов местами, если один из доменов IspD не известны.

      ©Nechay Olesya 2005