Второй семестр

Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

Упражнения выполнялись на базе "эталонного" множественного выравнивания фрагментов доменов. (benchmark.msf)

                                                                                                                                                                               
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *          
Q 5 4 1 4 3 _ S T R   :   V Y D K P M I Y Y P L S V L M L A G I R E I Q I I S S K D H L D L F R S L L G E G D R L G L S I S Y A E Q R E P R G I A E A F L I G A R H I   :   7 0
P 7 2 0 1 7 _ M Y C   :   V Y D K P M I Y Y P L T T L M M A G I R D I Q L I T T P H D A P G F H R L L G D G A H L G V N I S Y A T Q D Q P D G L A Q A F V I G A N H I   :   7 0
O 2 7 8 1 9 _ M E T   :   I Y D K P M I Y Y P L S V L M L A G I R D I L I I S T P R D L P L Y R D L L G D G S Q F G V R F S Y R V Q E E P R G I A D A F I V G K D F I   :   7 0
P 9 6 4 4 8 _ R H I   :   V H D K P M I Y Y P L G M L M L A G I R E I L V I T M P R D R P L F E E L L G D G S Q F G L A I S Y A E Q P E P N G L A E A F I I G R D F I   :   7 0
P 7 4 8 3 0 _ 9 S P   :   V Y D K P M I F Y P L S V L M L T G I R D I L I I S T P R D L P M F Q A L L G D G S A F G I N L S Y A E Q P S P N G L A E A F I I G A D F V   :   7 0
                          6 y D K P M I 5 Y P L     L M 6 a G I R   I   6 I 3   p   d   p   5     L L G d G       G 6     S Y a   Q     P   G 6 A   A F 6 6 G       6          

  • Создание дерева по алгоритму UPGMA.

    • Результаты: UPGMA.xls.
    Скобочная структура: ((((P96448_RHIME:0.145,P74830_9SPHN:0.145):0.0125, O27819_METTH:0.1575) :0.03375,Q54143_STRFR:0.19125):0.01125,P72017_MYCTU:0.2025);

    По этой скобочной структуре с помощью программ drawtree и drawgram пакета Phylip были построены 2 изображения дерева, неукорененное и укорененное :


    По данному дереву видно, что эволюционно наиболее близки друг к другу P96448_RHIME и P74830_9SPHN, т.к. они являются листьями одного узла. Также расположена пара Q54143_STRFR и P72017_MYCTU.

  • Сравнение двух изображений дерева, построенных по методу ближайших соседей (neighbor-joining).

    • Скобочная структура итогового дерева: (((Q54143_STRFR_10-246:0.18810, P72017_MYCTU_2-239:0.21190) :0.03214, P96448_RHIME_2-241:0.14643) :0.01071, O27819_METTH_2-240:0.16429, P74830_9SPHN_2-243:0.13571);

    Полученные изображения:

    По методу ближайших соседей строится неультраметрическое дерево, то есть учитывается различная скорость эволюции. В связи этим в структуре дерева произошли значительные перемены. Наиболее близкими листьями стали Q54143_STRFR и P72017_MYCTU.

    ©Nechay Olesya 2005