Второй семестр

Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART.

Фрагменты выравниваний.

"Эталонное" выравнивание из банка выравниваний SMART

*

2

0

*

4

0

*

6

0

*

Q

5

4

1

4

3

_

S

T

R

:

V

Y

D

K

P

M

I

Y

Y

P

L

S

V

L

M

L

A

G

I

R

E

I

Q

I

I

S

S

K

D

H

L

D

L

F

R

S

L

L

G

E

G

D

R

L

G

L

S

I

S

Y

A

E

Q

R

E

P

R

G

I

A

E

A

F

L

I

G

A

R

H

I

:

7

0

P

7

2

0

1

7

_

M

Y

C

:

V

Y

D

K

P

M

I

Y

Y

P

L

T

T

L

M

M

A

G

I

R

D

I

Q

L

I

T

T

P

H

D

A

P

G

F

H

R

L

L

G

D

G

A

H

L

G

V

N

I

S

Y

A

T

Q

D

Q

P

D

G

L

A

Q

A

F

V

I

G

A

N

H

I

:

7

0

O

2

7

8

1

9

_

M

E

T

:

I

Y

D

K

P

M

I

Y

Y

P

L

S

V

L

M

L

A

G

I

R

D

I

L

I

I

S

T

P

R

D

L

P

L

Y

R

D

L

L

G

D

G

S

Q

F

G

V

R

F

S

Y

R

V

Q

E

E

P

R

G

I

A

D

A

F

I

V

G

K

D

F

I

:

7

0

P

9

6

4

4

8

_

R

H

I

:

V

H

D

K

P

M

I

Y

Y

P

L

G

M

L

M

L

A

G

I

R

E

I

L

V

I

T

M

P

R

D

R

P

L

F

E

E

L

L

G

D

G

S

Q

F

G

L

A

I

S

Y

A

E

Q

P

E

P

N

G

L

A

E

A

F

I

I

G

R

D

F

I

:

7

0

P

7

4

8

3

0

_

9

S

P

:

V

Y

D

K

P

M

I

F

Y

P

L

S

V

L

M

L

T

G

I

R

D

I

L

I

I

S

T

P

R

D

L

P

M

F

Q

A

L

L

G

D

G

S

A

F

G

I

N

L

S

Y

A

E

Q

P

S

P

N

G

L

A

E

A

F

I

I

G

A

D

F

V

:

7

0

6

y

D

K

P

M

I

5

Y

P

L

L

M

6

a

G

I

R

I

6

I

3

p

d

p

5

L

L

G

d

G

G

6

S

Y

a

Q

P

G

6

A

A

F

6

6

G

6

Множественное выравнивание, построенное программой ClustalW

*

2

0

*

4

0

*

6

0

*

8

0

Q

5

4

1

4

3

_

S

T

R

:

M

N

D

R

P

R

R

A

M

K

G

I

I

L

A

G

G

S

G

T

R

L

R

P

L

T

G

T

L

S

K

Q

L

L

P

V

Y

D

K

P

M

I

Y

Y

P

L

S

V

L

M

L

A

G

I

R

E

I

Q

I

I

S

S

K

D

H

L

D

L

F

R

S

L

L

G

E

G

D

R

L

G

L

S

:

8

2

P

7

2

0

1

7

_

M

Y

C

:

-

-

-

-

-

-

-

-

M

R

G

I

I

L

A

G

G

S

G

T

R

L

Y

P

I

T

M

G

I

S

K

Q

L

L

P

V

Y

D

K

P

M

I

Y

Y

P

L

T

T

L

M

M

A

G

I

R

D

I

Q

L

I

T

T

P

H

D

A

P

G

F

H

R

L

L

G

D

G

A

H

L

G

V

N

:

7

4

O

2

7

8

1

9

_

M

E

T

:

-

-

-

-

-

-

-

-

M

K

G

I

V

L

A

G

G

S

G

T

R

L

Y

P

I

T

R

A

V

S

K

Q

L

L

P

I

Y

D

K

P

M

I

Y

Y

P

L

S

V

L

M

L

A

G

I

R

D

I

L

I

I

S

T

P

R

D

L

P

L

Y

R

D

L

L

G

D

G

S

Q

F

G

V

R

:

7

4

P

9

6

4

4

8

_

R

H

I

:

-

-

-

-

-

-

-

-

M

K

G

I

I

L

A

G

G

R

G

T

R

L

Y

P

V

T

I

S

V

S

K

Q

L

L

P

V

H

D

K

P

M

I

Y

Y

P

L

G

M

L

M

L

A

G

I

R

E

I

L

V

I

T

M

P

R

D

R

P

L

F

E

E

L

L

G

D

G

S

Q

F

G

L

A

:

7

4

P

7

4

8

3

0

_

9

S

P

:

-

-

-

-

-

-

-

-

M

K

G

I

I

L

A

G

G

S

G

T

R

L

Y

P

A

T

L

S

I

S

K

Q

L

L

P

V

Y

D

K

P

M

I

F

Y

P

L

S

V

L

M

L

T

G

I

R

D

I

L

I

I

S

T

P

R

D

L

P

M

F

Q

A

L

L

G

D

G

S

A

F

G

I

N

:

7

4

M

k

G

I

i

L

A

G

G

s

G

T

R

L

y

P

T

S

K

Q

L

L

P

v

y

D

K

P

M

I

y

Y

P

L

L

M

l

a

G

I

R

I

I

p

d

p

f

L

L

G

d

G

G

*

1

0

0

*

1

2

0

*

Q

5

4

1

4

3

_

S

T

R

:

I

S

Y

A

E

Q

R

E

P

R

G

I

A

E

A

F

L

I

G

A

R

H

I

G

G

D

D

A

A

L

I

L

G

D

G

Q

I

I

D

V

A

M

R

G

A

A

A

D

S

R

A

Q

:

1

3

4

P

7

2

0

1

7

_

M

Y

C

:

I

S

Y

A

T

Q

D

Q

P

D

G

L

A

Q

A

F

V

I

G

A

N

H

I

G

A

D

S

V

A

L

V

L

G

D

A

D

L

L

E

L

L

E

R

N

-

-

-

-

-

-

-

-

:

1

1

8

O

2

7

8

1

9

_

M

E

T

:

F

S

Y

R

V

Q

E

E

P

R

G

I

A

D

A

F

I

V

G

K

D

F

I

G

D

S

K

V

A

L

V

L

G

D

S

S

L

R

D

L

A

E

G

N

F

H

G

-

-

-

-

-

:

1

2

1

P

9

6

4

4

8

_

R

H

I

:

I

S

Y

A

E

Q

P

E

P

N

G

L

A

E

A

F

I

I

G

R

D

F

I

G

N

S

S

V

A

L

I

L

G

D

A

S

L

R

R

R

V

R

E

L

S

D

A

-

-

-

-

-

:

1

2

1

P

7

4

8

3

0

_

9

S

P

:

L

S

Y

A

E

Q

P

S

P

N

G

L

A

E

A

F

I

I

G

A

D

F

V

G

N

D

P

S

A

L

I

L

G

D

G

S

L

R

K

L

V

A

A

A

-

-

-

-

-

-

-

-

:

1

1

8

S

Y

a

Q

P

G

A

A

F

i

G

i

G

A

L

L

G

D

l

Результаты сравнения двух фрагментов выравниваний.

                       Q54143_STRFR_10-246   P72017_MYCTU_2-239   O27819_METTH_2-240   P96448_RHIME_2-241   P74830_9SPHN_2-243 

 Q54143_STRFR_10-246                  100%                                                                                    

  P72017_MYCTU_2-239                   60%                 100%                                                               

  O27819_METTH_2-240                   62%                  57%                 100%                                          

  P96448_RHIME_2-241                   62%                  61%                  67%                 100%                     

  P74830_9SPHN_2-243                   61%                  61%                  70%                  71%                 100%

                  Q54143_STRFR   P72017_MYCTU   O27819_METTH   P96448_RHIME   P74830_9SPHN 

  Q54143_STRFR            100%                                                            

  P72017_MYCTU             52%           100%                                             

  O27819_METTH             54%            61%           100%                              

  P96448_RHIME             54%            61%            66%           100%               

  P74830_9SPHN             55%            63%            66%            70%           100%